記事一覧

微生物分析系列報導: PICRUSt功能預測提琴圖/箱型圖

     原創文章     引用請註明出處

在介紹標題中提到的兩種概念類似的分析圖之前,小編先簡單介紹一種熱門的微生物體分析工具:PICRUSt。它的全名是”Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States”,中文的意思就是”隱性狀態重建群落進化分析”。更白話一點的說法,此項工具是將群落資料裡的隱性特徵以演算法重建,進行物種親緣演化分析,其主要目的為預測樣本中各種gene family的豐度,也可稱之為預測版的metagenomics。

PICRUSt分析後的結果可用來比對KEGG或COG資料庫,進行功能性基因體或是蛋白質體的預測。有別於真正的shotgun metagenomics,PICRUSt只需要成本較低廉的16S核糖體定序結果,即可進行初步的微生物體基因功能預測。如果預測結果中有些有趣的發現,可以選擇基因功能解析度更高、更有利於鑑定新物種的shotgun metagenomics。

介紹完PICRUSt,讓我們回到本篇的主題:功能預測提琴圖(violin plot)和箱型圖(box plot)。提琴圖的基本意義跟箱型圖是一樣的,兩者都可顯示資料的最大值、最小值、四分位數和中位數,然而提琴圖比箱型圖多了一種樣本分布的表示法,以下圖中那些小提琴為例,越寬的地方表示樣本分佈在該區的機率越大,琴身曲線也反映了樣本分佈的均勻程度。為了比對方便,我們也可以把箱型圖和提琴圖疊在一起,就像圖中的每個提琴裡都有個小小的箱型圖。
看完以上介紹,以後再看到提琴圖應該會有種熟悉感囉!

violin.png

[提琴圖與箱型圖] 圖中上方標題是KEGG的功能類別(此圖為Human Diseases),下方橫軸是該類別裡的基因功能,每一個基因功能都顯示所有分組(右方圖示)的基因相對豐度(左方縱軸數值)


參考文獻

[1] Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. (2013) Nature Biotechnology

[2] Characterization of the Gut Microbiome Using 16S or Shotgun Metagenomics. (2016) Frontiers in Microbiology




圖爾思生物科技/ NGS事業部

  許方瑜 文案

http://www.toolsbiotech.com/

© BIOTOOLS. All Rights Reserved


留言

發表留言

秘密留言