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10x Genomics 技術平台全新升級及應用

小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導,首先是全新升級的Chromium平台,目前究竟有哪些成功的應用呢?

2015年2月,10x Genomics公司推出GemCode平台,以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注,而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言,該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接軌,將其獨特的Barcode標記與二代定序短片段讀長完美結合,獲得超長linked-reads資訊。就RNA而言,可根據其Barcode、UMI (Unique molecular identifiers)資訊同時完成數十萬顆單細胞的轉錄體定序分析。更強的性能、更廣泛的應用以及更低的成本,使10x Genomics再次成為產業注目的焦點。



20170426 10x Chromium

應用方向

10x Genomics在泛基因體(Pan-genome, 多個基因體)研究中具有十分重要的應用價值。利用其獨特的GemCode技術,低至1ng DNA樣本即可完成基因體建庫定序,同時Barcode標記的linked-reads資訊為組裝過程提供精確指引,有效提升了二倍體基因體組裝效率,進而大幅降低成本,為動植物泛基因體研究開闢闢新的途徑,也促進品系特有基因挖掘、性狀形成機制解析及物種進化方面的研究進展。
此外,利用10x Genomics技術對物種不同亞族群 (Subpopulation)的代表性個體進行全基因體定序組裝,基於組裝後的序列,就族群層面展開群體遺傳學分析,能得到更加全面的變異資訊及更為豐富的分析內容,對於解密物種形成機制的以及群體進化動態等提供依據,也能提供方向協助農業育種的工作。

對人類基因體而言,10x Genomics技術能夠應用於全基因體及全外顯子定序。該技術可獲得超長片段的基因體訊息,解析大於10Mb的Haplotype區域。透過Barcode標記定位基因體複雜區域,得到短片段定序無法獲得的區域信息,精確鑑定SNV/InDel/SV等變異資訊,進而準確找出疾病與癌症的關鍵突變,確定遺傳機制,明白致病機轉。

單細胞轉錄體定序是在單細胞規模下對mRNA進行高通量定序的一項新技術,能夠將分離的單個細胞中的微量mRNA藉由高效率擴增後再進行高通量定序,有效解決組織樣本無法區分的細胞異質性難題,有助於發現新的細胞類型,並深入了解發育免疫腫瘤發生等過程中的調控機制。近年來,已有多種單細胞定序技術及平台應運而生,10x Genomics憑藉其高細胞通量、極短工作週期及極低成本脫穎而出。

圖爾思生物科技/ 諾禾致源文案

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