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lncRNA研究概覽和資料庫資源

看到這個標題,大家可能會說:“長鏈非編碼RNA誰不知道,就是以前被科學家認為是一些“垃圾”基因,長的像編碼基因,長度也和編碼基因差不多,翻譯不出來蛋白質,但能起到調控作用的一類RNA嘛。它存在於幾乎所有的高等動植物中,並且有很強的組織特異性。哈~沒錯!完全正確!小編就在這個背景基礎上再給大家拓展一點點資訊吧~
長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以被定義為

長度>200nt;

◆ 缺少或無開放閱讀編碼框(opening reading frame,OFR);

◆ 並不一定都帶多聚核苷酸尾;

◆ 數量上遠低於編碼蛋白基因(mRNA);

◆ 與編碼蛋白基因相比,具有更高的組織器官特異性;

◆ 物種間的保守序列低,<10%

這是一個很籠統的定義,就好像是把身高180以上的人統一命名為“高個兒”,卻絲毫不考慮人家身份證號不同這個現實。雖然大家都叫做lncRNA,但發揮的作用卻大為不同。lncRNA佔全部ncRNA的80%~90%,除了數量龐大以外,還具有表現量低、物種間保守性較差及細胞表現特異性等特點,這使lncRNA結構及作用機制等研究充滿挑戰。下面小編就介紹幾種lncRNA發揮功能的分子機制,給大家提供一點參考。

1. 編碼蛋白的基因上游啟動子區轉錄,調控下游基因的表現

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2. 調控轉錄起始和方向

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3. 轉錄本剪切和多聚腺苷化

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4. mRNA特異降解

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5. 生成環狀RNA

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6. 作為snoRNA的前體,snoRNA以鹼基配對的方式分別指導著核醣體RNA的甲基化和假尿嘧啶化修飾

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7. 剪切形成microRNA前體

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8. 編碼“微肽”調控離子通道的通透性

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現階段雖然已經發現了成千上萬種lncRNA。我們知道了lncRNA有很強的組織特異性和時空特異性,很多lncRNA在細胞內有固定的亞細胞定位,lncRNA甚至可以截取一段翻譯為一小段微肽發揮作用。但這些對於生物體中復雜而精密的調控體係來說才只是冰山一角。所以還需要科研工作者不斷的努力,探索生物機器運轉的奧秘。而採用高通量定序的方法,可以讓我們知道不同分化組織特定時間點或不同反應條件下基因的表現情況,再通過分子實驗驗證分析出完整的調控網絡。這樣就能一點一滴的為人類知識寶庫上增磚添瓦啦。


如果我比別人看得更遠,
那是因為我站在巨人的肩上。

——牛頓 

當今生命科學的研究已經進入大數據時代,巨量的知識和數據使我們必須藉助計算機工具,在前人的基礎上進行進一步的探索。下面給大家推薦幾款lncRNA資料庫,這都是lncRNA分析必備的哦~

1. LNCipedia   該資料庫是人類資料庫,收入了118,777條人類有註釋的lncRNA轉錄本,同時還包含ncRNA在基因體位置、結構、miRNA結合等信息。
http://www.lncipedia.org/db

2. Lncrnadb Johnmattick實驗室構建的網站,僅蒐集真核生物的lncRNA資訊,包含lncRNA的序列資訊、結構資訊、功能、亞細胞定位、保守性、與其相互作用RNA分子等資訊。

http://www.lncrnadb.org/

3. LncRNome 該資料庫是針對人類構建的,蒐集了17,000多條lncRNA轉錄本,主要提供lncRNA的分類、染色體定位、二級結構、與其他資料庫相關聯得資訊、生物功能描述、疾病關聯的數據,同時提供lncRNA與protein交互作用功能預測、SNP位點等資訊。

http://genome.igib.res.in/lncRNome/

4. LncRNADisease 北京大學建構的第一個長鏈非編碼RNA疾病資料庫,主要蒐集了已研究與疾病相關的1,000多個lncRNA資料,並預測了與疾病相關的1,564個lncRNA。

http://210.73.221.6/lncrnadisease

5. NONCODE 該資料庫收錄了人類、小鼠、黑猩猩等16個物種的ncRNA相關資訊。可進行blast,並進行資料下載。

http://www.noncode.org

資料庫不需要很多,精通幾個功能強大的就足夠滿足自己的研究需求啦!


圖爾思生物科技 / 諾禾致源文案
http://www.toolsbiotech.com/


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