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生態樣本製備及DNA提取方法

今天小編要帶大家共同解密常見生態樣本的取樣方法以及DNA提取方法,讓你的生態樣本製備輕鬆在握,不再成為你的困惑,趕緊來看看有沒有你關注的生態樣本類型吧!
  
常見生態樣本一覽表

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1. 普通土壤

1)取樣方法

根據研究目的確定採樣範圍,取樣器具要事先消毒滅菌處理。採樣時應去除表面浮土,使用乙醇火燒的鏟子挖取地下5~20cm的土層,去除可見雜質後,土壤過2mm篩網。每個樣品從3個或以上採樣點採集並混合,去除雜質後,每5~10g分為一份,保存於無菌離心管中,置於0℃以下運回實驗室,用於抽提DNA 。如不能馬上實驗,置於-80℃保存。

2)提取方法

手工提取參考文獻:
Clegg CD, Ritz K, Griffith s B S. Direct extraction of microbial community DNA fromhumified upland soils [J]. Letters in Applied Microbiology , 1997, 25(1):30-33.

推薦試劑盒:
MoBioPowerSoil®DNA Isolation Kit 


2. 根際土壤

1)取樣方法

取樣器具要事先消毒滅菌處理,採集20cm深的根際土壤置於50mL的無菌管裡,迅速放在液態氮裡儲存,用20目的篩子過篩,去除植物根、動物殘骸以及其他雜質後分裝到無菌離心管裡,每管3~5g,密封後立即放於-80℃儲存備用。

2)提取方法

手提方法可參考:

[1] Niemi RM, Heiskanen I, Wallenius K, et al .Extraction and purification of DNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGEanalysis of bacterial consortia [J]. Journal of Microbiological Methods , 2001,45(3):155-165

[2] Wang J, Wu G, Li W, et al . A DNA extraction method used for evaluation of diversityof the plant rhizosphere microbial community[J]. 2013

推薦試劑盒:

MoBio PowerSoil®DNA Isolation Kit或MoBio PowerSoil High-Throughput DNA Isolation Kit 


3. 水體

1)取樣方法

根據研究目的確定採樣深度和範圍,採集好的水樣需要通過濾膜進行過濾,可以根據水樣的渾濁程度選擇相應孔徑的濾膜,之後置於-80℃保存備用。
清亮水樣:可選擇小孔徑的濾膜,一般選0.22μm或0.45μm的濾膜,過濾水樣體積大於10L;
渾濁水樣:過濾前靜置分離懸浮顆粒,也可以用大孔徑的濾膜預過濾一遍,再用小孔徑的濾膜進行過濾。

2)提取方法

手提DNA可參考文獻:

[1] Arumugam R, Chan XY, Yin WF, et al . Metagenomic analysis of Microbial Diversity of Tropical Sea Water of Georgetown Coast, Malaysia [J]. Life Science Journal ,2013, 10(3). 

[2] Shi P,Jia S, Zhang XX, et al . Metagenomic insights into chlorination effects onmicrobial antibiotic resistance in drinking water [J]. Water Research , 2013,47(1): 111-120.

推薦試劑盒:

PowerWater®Sterivex ™ DNA Isolation Kit (MoBio, USA)

 
4. 活性污泥及海洋沉積物

1)取樣方法

活性污泥:從曝氣池中取25mL懸浮的活性污泥樣本放入無RNA酶的管中,迅速放入液態氮並運送到實驗室提取DNA;

地表沉積物:取距地表0-10cm的地表沉積物,每個位點取1-2kg的沉積物裝入消毒聚乙烯塑料袋中,立刻置於0℃運到實驗室進行DNA提取。

2)提取方法

推薦試劑盒:

FastDNA®Spin Kit for Soil (MP Biomedicals, USA)或UltraClean®Mega Soil DNA Isolation kit(MoBio,USA)進行提取並利用PowerClean® DNA Clean-Up kit (MoBio,USA)進行純化。

注:每個樣本提取兩次並將提取好的DNA混為一管以減少DNA提取的潛在偏好性,參考
Cai L, Yu K, Yang Y, et al . Metagenomic exploration reveals highlevels of microbial arsenic metabolism genes in activated sludge and coastalsediments [J]. Applied microbiology and biotechnology , 2013, 97(21): 9579-9588.


5. 植物內生菌

1)取樣方法

用流水沖洗植物根樣本表面並摘掉小側根,粘根土壤粒要進行化學消毒(95%的次氯酸鈉2min),用無菌玻璃珠在無菌水中劇烈搖晃,物理去除細菌。之後用手術刀片劃開根部組織以釋放內生菌,用無菌玻璃珠在9%的生理鹽水中振盪,在30℃的條件下振盪4h以分離內生菌,之後用5μm濾膜過濾,15000r ,4℃離心收集沉澱並置於液態氮中保存。

2)提取方法

內生真菌樣本DNA提取參考文獻:

Sessitsch A, Hardoim P, Döring J, et al . Functional characteristics of an endophytecommunity colonizing rice roots as revealed by metagenomic analysis [J]. Molecular Plant-Microbe Interactions , 2012, 25(1): 28-36.

內生細菌樣本DNA提取方法參考文獻:

Shi YW, Yang H, Zhang T, et al . Illumina-based analysis of endophytic bacterialdiversity and space-time dynamics in sugar beet on the north slope of Tianshanmountain [J]. Applied microbiology and biotechnology , 2014, 98(14): 6375 -6385.
 

6. 空氣

1)取樣方法

(採樣使用的器具要每天進行更換,並且使用75%的酒精進行洗滌)

收集目標區域的空氣微顆粒,採用不同孔徑大小的無菌濾膜進行目的顆粒的篩選,如果不分顆粒小大,可直接選取最小孔徑的無菌濾膜進行過濾,以保證空氣微生物最大程度上被過濾下來;
將過濾好的無菌濾膜迅速密封,置於-80℃條件下進行保存;
截取適當大小的濾膜放在含有1×PBS緩衝液的50mL離心管中,於4℃條件下,用200g加速度離心3h;
最後溫和漩渦處理,使用0.2μm的Supor200 PES Membrane Disc Filter過濾重懸液後待提取。

2)提取方法

手提可參考文獻:

[1] Jiang W, Liang P, Wang B, et al. Optimized DNA extraction and metagenomic sequencingof airborne microbial communities.[J]. Nature Protocols , 2015, 10(5):768-79
[2] Yooseph S, Andrews-Pfannkoch C, Tenney A, et al . A Metagenomic Framework for the Studyof Airborne Microbial Communities [J]. Plos One , 2013, 8(12): e81862;

推薦試劑盒:

MoBioPowerSoil DNA isolation kit
 

7.物體表面

1)取樣方法

將所研究的物體放在事先滅好的無菌容器當中,加入PBS緩衝液後進行振盪,使得微生物從物體表面充分的脫落並聚集在PBS緩衝液當中,之後直接提取PBS緩衝液中的微生物或者將緩衝液用濾膜過濾之後再進行DNA的提取。

2)提取方法

提取具體流程可參考文獻:

HewittK M, Gerba CP, Maxwell SL, et al . Office space bacterial abundance and diversityin three metropolitan areas [J]. 2012.
  

今天小編就先為大家整理到這裡,不知道是否解開了大家心中一直以來的疑惑呢?讓我們繼續向前邁進吧!! 


圖爾思生物科技 / 諾禾致源文案

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