如何獲得高品質的RNA?
- 2020/06/19
- 14:48
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RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色,一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外,利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定,也容易受到很多因素的影響而發生降解。因此,獲得高品質的RNA樣品變成是許多研究者努力的目標。在人體眾多的組織中,胰臟組織又因為富含RNase、DNase跟protease的關係而更加難以取得高RIN值的RNA樣品,因此在2018年所發表的文章中,作者利用胰臟組織,針對從採樣到萃取等五個不同的條件來加以探討影響RNA品質的因素:
RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色,一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外,利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定,也容易受到很多因素的影響而發生降解。因此,獲得高品質的RNA樣品變成是許多研究者努力的目標。在人體眾多的組織中,胰臟組織又因為富含RNase、DNase跟protease的關係而更加難以取得高RIN值的RNA樣品,因此在2018年所發表的文章中,作者利用胰臟組織,針對從採樣到萃取等五個不同的條件來加以探討影響RNA品質的因素:
1. 研磨組織的方法:此篇文章中,作者分別利用了人工的方式或是自動研磨機來進行胰臟組織的研磨,進而比較不同方式間所萃取出的RNA總量以及RNA的品質(RIN值的高低)。結果顯示不同的研磨方法除了會影響獲得的RNA總量外,在RNA品質(RIN值)上並沒有明顯的影響。
- 註1:所有的研磨步驟都在10分鐘內完成。
- 註2:所有的樣品都是利用Qiagen RNeasy mini kit來進行RNA的萃取。
3. 組織的大小:文章中,作者也分別將樣品組織分成 <100mg與 >100mg 兩種不同的大小來置於RNAlater中保存,來探討取樣組織的大小是否會影響到RNA萃取的品質。結果顯示在 >100mg的實驗組中,RNA品質明顯的偏低,由此推測當取樣組織太大時,會影響RNAlater進入到組織內的效率進而降低RNAlater抑制RNase的功效。
4. 樣品從採樣後到存放進RNAlater的時間:文章中,分別將樣品在取樣後於10分鐘內將樣品至於RNAlater中或是在採樣30分鐘後才將樣品置於RNAlater中等兩種不同的情況來進行探討。結果也顯示,從組織採樣後,於10分鐘內就將樣品保存於RNAlater中,所獲得的RNA品質明顯優於30分鐘後才將樣品放入RNAlater中保存的樣品品質。而且如果同時考慮組織大小的因素後也發現,當組織不大於100mg且快速的放到RNAlater中保存最能保證RNA的穩定度。
結論
(2) 組織採樣時體積不要太大(<100mg),避免影響保存溶液進入組織中的效率,而降低保護RNA的功效。
(3) 樣品在取樣後,盡快地放入保存溶液中 (<10min) 會大大的提升RNA的品質。
Eunsung Jun, JuyunOh, Song Lee, Hye-Ryeong Jun, Eun Hye Seo, Jin-Young Jang, Song Cheol Kim. Method Optimization for Extracting High-Quality RNA From the Human Pancreas Tissue. Translational Oncology, 2018, June, Pages 800-807.
圖爾思生物科技 / 微生物體研究中心
莊景凱 文案