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如何獲得高品質的RNA?

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RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色,一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280260/230 ratio外,利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定,也容易受到很多因素的影響而發生降解。因此,獲得高品質的RNA樣品變成是許多研究者努力的目標。在人體眾多的組織中,胰臟組織又因為富含RNaseDNaseprotease的關係而更加難以取得高RIN值的RNA樣品,因此在2018年所發表的文章中,作者利用胰臟組織,針對從採樣到萃取等五個不同的條件來加以探討影響RNA品質的因素:

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1. 研磨組織的方法:此篇文章中,作者分別利用了人工的方式或是自動研磨機來進行胰臟組織的研磨,進而比較不同方式間所萃取出的RNA總量以及RNA的品質(RIN值的高低)。結果顯示不同的研磨方法除了會影響獲得的RNA總量外,在RNA品質(RIN)上並沒有明顯的影響。


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  • 1:所有的研磨步驟都在10分鐘內完成。
  • 2:所有的樣品都是利用Qiagen RNeasy mini kit來進行RNA的萃取。


3. 組織的大小:文章中,作者也分別將樣品組織分成 <100mg >100mg 兩種不同的大小來置於RNAlater中保存,來探討取樣組織的大小是否會影響到RNA萃取的品質。結果顯示在 >100mg的實驗組中,RNA品質明顯的偏低,由此推測當取樣組織太大時,會影響RNAlater進入到組織內的效率進而降低RNAlater抑制RNase的功效。

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4. 樣品從採樣後到存放進RNAlater的時間:文章中,分別將樣品在取樣後於10分鐘內將樣品至於RNAlater中或是在採樣30分鐘後才將樣品置於RNAlater中等兩種不同的情況來進行探討。結果也顯示,從組織採樣後,於10分鐘內就將樣品保存於RNAlater中,所獲得的RNA品質明顯優於30分鐘後才將樣品放入RNAlater中保存的樣品品質。而且如果同時考慮組織大小的因素後也發現,當組織不大於100mg且快速的放到RNAlater中保存最能保證RNA的穩定度。

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5. 
RNA樣品重複冷凍與解凍:在文章中,作者將獲得的高品質RNA進行反覆的冷凍與解凍來測試RNA的穩定度。有趣的是,結果顯示反覆的冷凍與解凍並不會造成RNA樣品明顯的降解。
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結論
(1) 利用RNase的抑制溶液 (RNAlater) 來保存組織可以有效的提升RNA的品質。
(2) 組織採樣時體積不要太大(<100mg),避免影響保存溶液進入組織中的效率,而降低保護RNA的功效。
(3) 樣品在取樣後,盡快地放入保存溶液中 (<10min) 會大大的提升RNA的品質。

參考文獻
圖爾思生物科技 / 微生物體研究中心
莊景凱 文案



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