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RIN值高低對RNA-seq的影響有多大?


RIN值(RNA integrity number),即RNA分子完整數,數值從0-10,數值越大表明RNA質量越好、越完整,直接反映了RNA質量的高低。


通常我們認為,降解的RNA會導致mapping率降低,影響基因的表現差異分析等。但實際上,由於樣本本身性質等原因,我們可能無法得到RIN值較高的樣品。



那麼,究竟樣品RIN值偏低,會不會影響資料分析?RIN值7.0和9.0的樣本在後續分析中效果會差很多嗎?樣品RIN值只有5.0一定得不到好的分析結果嗎?


小編用一篇發表在BMC Biology (IF:7.984) 上的文章,我們一起看看RIN值對RNA-seq的影響有多大~


論文名稱

RNA-seq:impact of RNA degradation on transcript quantification


研究內容

5 組人類外周血細胞樣本,每組 4 個樣本(取自 4 個個體),分別在室溫下放置 0h 、 12h 、 24h 、 48h 、 84h ,使 5 組樣本 RIN 值範圍為 9.3-3.8 。探究 RIN 值對後續分析 RPKM 、差異基因等的影響。


研究結果


1. 對mapping 率的影響


文章中對單一mapping reads 和 mapping 到基因上的reads 數量進行分析,結果表明:當RIN 值較高時(RIN 值 ≥ 6.3 ),兩者值均較好,並且同一個體的樣本間相關性較高,而當RIN 值低於6.3 時,樣本間相關性變得不再明顯。


PCA_heatmap.png



2. RIN值對基因表現檢測的影響


0h 樣本可看做是無降解的對照組,與之相比,體現的是各降解樣本基因表現檢測的真實性。從圖中可看出:處理12h 和24h 的樣本,基因表現水平與0h 樣本並無顯著差別,而處理48h 和84h 的樣本,與0h 樣本的差別逐明顯,並且RPKM 值在0 附近的基因密度有所增加,RPKM 值為1 的基因密度明顯減少。
RPKM_timepoint.png



3. 不同轉錄本降解速率差異


研究發現 CDS 的長度、GC含量、3'UTR的長度均會影響 transcript 的降解速率,但 transcript 的總長度和降解速率卻沒有顯著的關係。


degrade_transcript.png



所以小編可以來回答幾個問題了~~

1. 樣品RIN值偏低,會影響數據分析嗎?

會!但程度不等!RIN 值對後續的分析的確會有一定程度影響:一般RIN 值高於6.3 的樣本分析結果較為準確,受到RNA 降解影響較小。


2 . RIN 值7.0 和9.0 的樣本在後續分析中效果會差很多嗎?

並不明顯!!


3. 樣品RIN 值只有5.0 一定得不到好的分析結果嗎?

不一定~從低RIN值的樣本中,我們也可以得到一些有效數據,比如研究中,RIN值為 4 的樣本也可用來鑑別個體間差異。具體情況還要考慮基因的表現、降解速率等。

分析包含全部質量的樣本(不排除RIN值較低的樣本),只要明確RNA質量測定的模型和RNA 測序研究的目標,一樣可以得到理想的結果。


圖爾思生物科技 / 諾禾致源文案
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