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PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料

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生物醫學研究最常使用的資料庫莫過於 PubMed 文獻搜尋,但由於 PubMed 資料庫越來越龐大,如何在茫茫大海中正確找到自己需要的內容便顯著相當重要,因此如何對檢索結果進行篩選,例如篩選可投稿期刊、查詢領域內專家的論文與研究方向、各國家發表論文的分佈等是科學家們所關注的重點。

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PubReMiner 是由荷蘭學者 Jan Koster 開發的文獻分析工具,可幫助分析檢所得到的文章中,主要發表於哪些期刊、有哪些作者為領域內文章最多的專家、常用關鍵字、多歸類於哪些 MeSH、發表年份趨勢及國家等,並且可透過增加或刪除檢索詞、作者、期刊、國家等做進一步篩選。

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例如我們以 Gut microbiome 與 16S 作為檢索 標題 與 摘要 的關鍵詞,並限定在 2017 年 ~ 2020 年發表的論文。而 AbstractLimit 則視搜尋結果的筆數調整,最大可同時分析 10,000 筆結果。

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(1) 第一個欄位為個年度發表的論文數,由此檢索可發現 Gut Microbiome 研究呈現爆發式增長

(2) 第二個欄位為發表期刊文章數量排序,可知特定領域發表在哪些期刊為主要,從中選擇合適的投稿期刊

(3) 第三個欄位為檢索中作者的排序,可從中找到領域內的專家列表

(4) 第四個欄位表關鍵字在結果中出現的比例高低

(5) 第五個欄位顯示結果中較常出現的 MeSH 標題排序

(6) 最後一個欄位呈現論文發表國家的文章數排序

PubReMiner-Word.png
PubReMiner-Word2.png

(a) Word 欄位中字詞後多有一個星號,例如「INFECT*」表示 PubReMiner 同時檢索「infect」、「infection」、「infectious」等字詞

(b) Word 欄位中有兩個計數「#」與「Count」分別代表不同概念。「#」代表僅檢索檢索詞的文獻數量,而「Count」則是與檢索詞相似的文獻數量。例如「infect」欄位中,「#」的數目是「96」,代表僅檢索單詞「infect」的文獻數量;而「Count」中的數目是「297」,即是不僅檢索了「infect」,還同時檢索了「infection」、「infectious」等字詞。

(c) 數字若為紅色,則顯示為不可選取。表示再進一步檢索時,勾選這些字詞並不會影響結果

(d) 每個選項後面有一個藍色的「P」,點擊可以到 PubMed 查看對應的文獻列表

 
從檢索結果中可進一步根據有興趣的項目進行篩選,例如想列出有台灣作者所參與發表的論文,則可勾選 TAIWAN 後,執行「Search with Manual Adjustment」,最後可檢索出 9 條文獻結果。若想查看這 9 篇文獻的題目與摘要,可點擊 Goto PubMed with query 連結到 PubMed 查看詳細列表。

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圖爾思生物科技 / 微生物體研究中心
郭育倫 文案


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