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液態活檢技術之血漿游離循環腫瘤DNA(ctDNA)

 
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液體活檢是相對於組織活檢而言,利用高通量測序來測定人體血液中的腫瘤細胞或游離的DNA片段。液體活檢在腫瘤早篩、腫瘤用藥、療效評估和復發監測方面的研究進展無不讓大家拍手叫好。



什麼是循環腫瘤DNA?
正常細胞和腫瘤細胞都會破裂,細胞破裂之後,細胞中的DNA就會被釋放到體液當中,其中進入血液的這部分DNA,就被稱為血漿游離DNA,或者cell free DNA,簡稱 cfDNA。


cfDNA 裡來源於腫瘤細胞的那部分DNA,攜帶腫瘤特異突變,叫循環腫瘤DNA,或者circulating tumor DNA,簡稱ctDNA。


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ctDNA測序的臨床意義


它可以減少病人開刀的痛苦,只需要抽血,不必開刀就可以做檢測。同時因為它只要抽血(而不必開刀),所以取樣方便,可以應用於腫瘤病人的病情隨訪,並可以多次取樣。抽管血就知道這個病人的腫瘤突變信息,從而指導臨床用藥。



ctDNA測序的難點


首先由於ctDNA的含量低,只佔cfDNA很小的比例,大約是幾萬分之一到千分之一。而且不同的病人,ctDNA含量差別很大,一般來說,癌症越晚期的病人,ctDNA的比例越高。

其次是血液中的游離DNA量很少,大約每一毫升的血漿中,只有十幾納克(ng)的游離DNA.



ctDNA檢測技術


數字PCR(DigitalPCR)常被用於ctDNA的研究,它的特點是敏感性高,但是只能針對確定的SNP位點,每個病人都要設計個性化探針,且可同時檢測位點的通量較低。




ctDNA應用方向


1. 腫瘤實時監測,以ctDNA作為腫瘤標誌物,通過多次取樣測序監測腫瘤負荷,反應藥物療效信息等。

2. 腫瘤進化、耐藥,取治療前後的血漿樣本,通過ctDNA測序鑑定藥物治療過程中產生的耐藥突變。

3. 復發風險預測,檢測手術後的ctDNA,根據是否能檢測到突變以及ctDNA豐度變化預測復發的風險。

 
一般而言,目前的ctDNA項目研究經驗,使用血漿DNA提取專用試劑盒QIAGEN, QIAamp Circulating Nucleic Acid kit提取cfDNA,採用Agilent SureSelectXT Custom捕獲目標區域,並採用 illumina HiSeq 4000 PE150平台測序,通過生物資訊分析找到血漿DNA的腫瘤突變標誌物。



圖爾思生物科技 / 諾禾致源文案
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