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WGS vs. WES

     原創文章     引用請註明出處全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢?  圖一: 常見的三種DNA定序種類,以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類(圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/)相信這個問題一定很多研究人員都曾想過,其實標準答案就是---------------如果有足...

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DADA2

     原創文章     引用請註明出處DADA ( Divisive Amplicon Denoising Algorithm) 是一種校正擴增子序列錯誤的演算模型,分析不採用聚類方法建構 OTUs [1]。雖然過往研究通常採用 97% 或 99% 序列相似程度進行 OTU clustering 並以代表序列做後續分析,但也知道 OTU 並不能完全代表一個物種,因而限制了微生物物種分析的準確性。近年來,許多研究者相繼呼籲應捨棄 OTU 這種不...

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多重關聯分析 HAllA

     原創文章     引用請註明出處  熱圖(Heatmap)是多體學關聯分析常見的呈現方式,目的是將不同體學觀察值的相關性透過熱圖呈現,顏色與統計說明體學資料間的關聯程度。常見也有將「微生物統計顯著數值」和「微生物相對豐度」與熱圖整合呈現,如下圖。HAllA (Hierarchical All-against-All association) 是一個針對多維度、異質型資料的多重關聯分析工具[1]。HAl...

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