記事一覧

GSEA 分析

     原創文章     引用請註明出處 基因表現研究從過去的 Microarray (Gene Expression Profile) 到 NGS (RNA-seq) 分析皆需要探究所謂的功能富集 (Functional Enrichment),而不管是做 GO 或 Pathway (KEGG / IPA / DAVID) 分析,皆需要透過基因表現的差異 (Over Representation Analysis, ORA)篩選出一組基因列表,藉由列表與功能資料庫比對計算獲得富集的資訊。但這個...

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人類參考基因體

     原創文章     引用請註明出處人類參考基因體 (Human Reference Genome)  人類參考基因體的第一版印刷品作為一系列書籍展示,在倫敦的Wellcome Collection中展出 (圖片來源 )人類基因體計畫(Human Genome Project, HGP)目的是希望解碼人類 30 億對鹼基對的序列,2000年6月26日,美國總統柯林頓與英國首相布萊爾共同宣布人類基因體計劃工作草圖完成。接下...

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單細胞定序分析介紹 (三): Batch Effect

     原創文章     引用請註明出處  Schematics of batch-effect correction by MNN [1]繼前兩篇的單細胞分析介紹(一)、單細胞分析介紹(二)之後,相信大家對單細胞分析有一定的認識,聽到單細胞眼睛都亮起來了對吧?那麼我們今天要更進一步介紹的是批次效應 (batch effect) ,這個問題在其他類型的資料已被廣泛討論,目前在單細胞分析領域來說也是很夯的議題。所以.....

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QIIME2

     原創文章     引用請註明出處2018 年 1 月, QIIME 團隊發出官方聲明,將不再進行 QIIME1 的更新與維護。取而代之的是 QIIME 2™ ,QIIME2 提供了一個具再現性、互動性與可擴展性的微生物體資料分析平台[1] (根據 Google Scholar 截至 2019/11/7 已有 42 篇論文引用)。QIIME2 繼承了 QIIME1 具有的分析功能,但整個 QIIME2 是經過重新設計並改寫而成的獨立新平台。以下介紹...

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基因名稱轉換工具

      原創文章     引用請註明出處生物資訊分析最重要的是如何提高結果的可讀性,其中基因名稱或 ID 轉換是最常見的問題。往往在不同資料庫或不同平台會有特定的 Gene ID,例如 Ensembl 人類基因會是 ENSG/ENST 為前綴開頭,而 NCBI/EntrezID 則為一串數字,但這些文數字可讀性相當低,因此需要將其轉換為 Gene Symbol Name 以及對應的別名 (alias),更進一步還能對應到...

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