記事一覧

ANCOM 微生物組間差異物種分析

     原創文章     引用請註明出處微生物體資料分析通常為了考慮定序深度的差異,豐度會標準化為比例關係(例如,相對豐度)。而這樣的組成型資料常造成統計上的偏差,為了能改善其統計效力也發展出相應的分析方法。在進行相對豐度於組間的差異分析中,除了採用累計求合標準化(cumulative-sum scaling, CSS)方法的 metagenomeSeq[1] 外,目前QIIME2也提供另一個能檢測組間微生物...

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微生物物種-環境因子分析

     原創文章     引用請註明出處進行微生物群落研究時,往往會需要檢測菌相與不同環境變量(因子)間的相關性,例如:1. 微生物群落與生態環境變量間的相關性2. 人體微生物與疾病病程發展的相關性3. 不同藥物處理後,微生物組成與病情改善間的相關性因此需要透過特定的環境因子關聯模型,分析特定因子或因子組合對細菌物種的影響程度。今天我們就來聊聊有哪些分析方法可以進行...

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單細胞定序分析介紹 (二): Seurat

     原創文章     引用請註明出處  (Seurat Vignettes)隨著定序技術以及微流體技術的發展,單細胞定序的技術也越來越純熟。實驗技術方面全力衝刺,當然在後端資料分析研究也不能落人後!今天小編要來跟大家介紹一個強大的單細胞分析R套件 – Seurat [1][2]。它有多厲害呢?嘿嘿,就讓我們繼續看下去。我們這次介紹的是它的基本功能(Guided tutorial Vignettes [3])。...

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單細胞定序分析介紹 (一): Cell Ranger

     原創文章     引用請註明出處 (10x Genomics, Loupe Browser)單細胞定序的研究發展至今已經十幾年了。從下面這張圖[1]顯示每年新發表的單細胞定序技術,可偵測到的細胞數目近乎指數成長,每一年與前一年相比都是10倍上升,這也揭示單細胞定序發展的潛力。今天要跟大家介紹一個由 10x Genomics 公司所開發的分析流程化軟體Cell Ranger [2],功能有:比對參...

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