記事一覧

microPITA協助從16S挑選總體基因體目標樣本

      原創文章     引用請註明出處目前研究的趨勢已從多樣性分析 (16S/18S/ITS) 進入到總體基因體 (Whole Metagenomic Sequencing) 的時代。但相較 16S rRNA 定序,總體基因體定序及分析複雜且昂貴許多,因此如何從大量的多樣性定序樣本中,篩選出具代表性、感興趣且欲深入探討功能的樣本,便顯得相當重要!但有時對於應該選擇多少數量的樣本做後續的探討,以及選出的樣...

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口腔微生物與口腔疾病的關係

     原創文章     引用請註明出處國人往往疏忽口腔健康問題,根據衛福部統計,台灣2~3歲兒童蛀牙率約 31%,到了6歲蛀牙率更增加到 79%,而成年人也有近8成有牙周病問題。每年3月20日是「世界口腔健康日」,讓我們一同以科學研究成果關心口腔微生物與口腔健康的關係吧!口腔微生物與齲齒、牙菌斑、牙結石、牙周病、口腔黏膜潰爛等有密不可分的關係。在國際大型研究計畫中(HMP)...

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Tax4fun 菌群功能預測

     原創文章     引用請註明出處Tax4fun是一個以R 語言開發的基因功能預測套件,能依據 16S 數據進行菌群功能預測。與 PICRUSt 同是基於 marker gene 進行總體基因體功能預測的工具。相較 PICRUSt 推斷序列共同祖先後預測基因功能,Tax4fun 是基於透過 KEGG 原核基因體註釋資訊的序列直接地進行基因功能預測。Tax4Fun 使用 SILVA(Release 123) 作為資料庫來源,並基於此資...

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