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微生物分析系列報導: 厚壁菌門/擬桿菌門比例箱形圖(F/B ratio box plot)

     原創文章     引用請註明出處人類腸道菌中,比例最高的兩種菌門為厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes),兩者比例可達全體腸道菌80%以上。許多學者普遍認為厚壁菌門是一群善於消化並促進吸收脂肪的細菌,牠們的大量存在使得宿主容易肥胖。小編聽說過壓力大時BMI容易爆增的理論,這也是跟腸道菌有關係喔!當宿主處於壓力下,大腦分泌的壓力荷爾蒙影響迷走神經,使流往腸道的血液減少,長此...

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微生物分析系列報導:嶄新的物種階層熱樹(Heat Tree)

     原創文章     引用請註明出處在微生物分析中,如何以視覺化呈現注釋資訊是一個重要的工作。通常在獲得OTU表及物種注釋資訊後,便需要將表格化資訊藉由視覺處理以利科研人員閱讀。目前最常見的方式如採用『物種階層累積柱狀圖』、『互動式Krona展示』、『進化樹展示』等,今天小編就先從物種階層累積柱狀圖介紹起,並帶大家認識全新開發的『熱樹(Heat Tree)』分析,希望能更有效的協助科學研究者快速...

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微生物分析系列報導:輕鬆看懂三元相圖(Ternary plot)

     原創文章     引用請註明出處從事生物研究的人都知道,經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後,最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告,甚至是投稿期刊,把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖,叫做「三元相圖」。顧名思義,三元相圖長得就像下方那些三角形(圖[1]-圖[3]),通常這種分析圖有三個基本元素:(1) 三...

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