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10x Genomics 技術平台全新升級及應用

小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導,首先是全新升級的Chromium平台,目前究竟有哪些成功的應用呢?2015年2月,10x Genomics公司推出GemCode平台,以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注,而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言,該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接軌,將其獨特的Barcode標記與二代定序短片段讀長完美結合,獲得超長linked-reads資訊。就RNA而言,可根據其Bar...

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微生物分析系列報導:樣本分組比較分析(Beta Diversity)

     原創文章     引用請註明出處今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity,其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見,我們就來一一介紹吧!PCA分析主成分分析(PCA, Principal Component Analysis),是一種應用方差分解,對多維數據進行降維,同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵,從而有效地找出資料中最主要的元素和結構的方法。應用PCA分析,能找出可最大程度反映樣品間差異的座標...

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eGWAS─轉錄體層面研究多樣本數群體

eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析,常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生,很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關,但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript)的變化,那麼是哪些突變位點通過轉錄本表現,影響表現型性狀呢?這就需要在SNP與基因表現量之間建立起溝通...

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