記事一覧

都是Excel惹的禍 - 20%的基因體研究論文出錯

     原創文章     引用請註明出處從事基因體研究的科學家都曾遇到一個同樣的問題:使用Excel處理基因列表的時候,常會因為Excel的自動格式改正功能而造成基因名稱的錯誤,這些錯誤皆由於Excel將某些基因名稱改為日期或數值格式,而往往研究人員在研究時或發表文章前因忽略Excel的自動轉換而導致錯誤 [1, 2]。發表在Genome Biology的一篇論文:Gene name errors are widesprea...

繼續閲讀

三代定序平台介紹

我們來看一看三代定序目前的發展,其實了解定序發展動向,會讓我們對後續定序研究能有更好掌握性,比如成本、通量及技術優劣勢等,使未來研究有更好的選擇。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies奈米孔單分子定序技術,還有 Direct Genomics的Helicos 技術,被稱之為第三代定序技術。三代定序最大的特點是能夠一次對一條DNA分子進行單分子定序,無需擴增。Pacific Bioscience定序儀從2011年Pacific Bioscience推出三...

繼續閲讀

微生物抗藥基因資料庫

抗生素的大量使用,導致耐藥性菌株大規模增加,土壤、水體、人體、動植物等環境,都有大量新的抗藥菌株和耐藥基因被發現。對這些耐藥菌株和基因進行監測,分析耐藥基因動態,對於解析耐藥基因產生機制、防治抗藥菌株氾濫有著重要​​的意義。這其中最核心的內容就是耐藥基因資料庫,一個完備、精確、更新及時的資料庫,是耐藥基因篩查工作的核心。我們這就來介紹目前常用的耐藥基因資料庫,看一看我們手中擁有哪些核心武器~圖1. 抗...

繼續閲讀

天使中的魔鬼-被忽視的兒童癌症

目前,惡性腫瘤已成為兒童死亡的二號殺手,僅次於意外傷害。全球每年有超過25萬名兒童被診斷罹癌,約9萬名兒童死於癌症。因此,為呼籲大家關注,將2月15日定為世界“國際兒童癌症日”。兒童癌症主要包括兩大類:一是血液系統腫瘤,以白血病最為常見;二是實體腫瘤,比如腦瘤及各種母細胞瘤等。圖1. 兒童常見癌症種類[1]圖2. 0~19歲兒童癌症發病率趨勢[1]在今年備受關注的美國“抗癌登月計劃”中,提出了六大主要方向,兒童癌症即為其中...

繼續閲讀