記事一覧

SNP分析知多少?

 基礎知識概念篇SNP(single nucleotide polymorphism),單核苷酸多型性,在基因體上由單個核苷酸變異形成的遺傳標記,一般指變異頻率大於1%的單核苷酸變異。用英文的描述方法是:“If more than 1% of a population does not carry the same nucleotide at a specific position in the DNA sequence, then this variation can be classified as a SNP.”,值得注意的一個名詞是“population”同英文文章中對樣本表述的“array”...

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精準微生物醫療的新時代 - 糞菌移植

     原創文章     引用請註明出處『糞菌移植』(FMT, Fecal Microbiota Transplantation)的治療方法近年在臨床上備受關注和熱議,目的是利用健康人大便中約1000餘種的細菌移植給患者,利用這些細菌重新建立患者腸道內失調的微生物生態。FMT受到全世界廣泛的關注後,臨床研究也逐漸增多,如:治療困難梭狀桿菌感染(CDI, Clostridium Difficile Infection)、發炎性腸道疾病(IBD, ...

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組裝新技術 10X Genomics linked Reads

隨著定序技術的發展,三代定序技術以其讀長較長、無GC偏好性等優勢,逐漸進入基因體組裝的隊伍中,然而比起二代定序,其成本依然較高,且錯誤率較高。10X Genomics 公司透過在序列中引入barcode 序列,製備出一種特殊的 library,透過Illumina二代定序,能夠得到跨度在30-100Kb的 linked reads 資訊,與二代定序資料相結合,在 Scaffold 的組裝上能夠得到媲美三代定序的組裝結果。一、技術簡介  10X Genomics 公司的 linked r...

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二代定序 vs. 三代定序組裝技術大PK

三代Pacbio定序技術以其超長讀長、無需擴增、無GC偏好性等優勢成為 de novo 組裝的新寵兒。然而,Pacbio定序不僅成本非常高且錯誤率也高,這就需要較高的定序深度來修正自身錯誤率,隨著深度的提高成本又會隨之增高。是否有更高性價比的方法得到更好的結果呢?一、10X Genomics二代組裝新技術將Illumina的 short-reads 與 10X Genomics 公司研發的linked-reads相結合,並加上BioNano光學圖譜資訊,組裝得到的 Scaffold 長度達到了...

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20萬年前的人類祖先與現代人相比有什麼不同?

很多人小時候都想過,是否可以變得像孫悟空一樣翻個跟斗就移動十萬八千里、上天下地無所不能,或者是不是可以從普通人進化成戰鬥力極強的超級賽亞人。我們嚮往著“變身”成為能力強大的人,可是長大後才發現,千年以來人類似乎都沒有什麼變化?想當然爾“變身”更是不可能的了。進化是極其漫長的過程,突破性的進展需要經歷無比久遠的時間,千年甚至萬年的時間在進化歷程中都不足為計。人類看起來雖然沒有明顯的變化,實際上作為群體的...

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參考基因體該如何下載(2) - NCBI

 NCBINCBI(National Center for Biotechnology Information)由美國政府所設定並負責更新維護,其網站資訊全面且功能強大,1992年10月建立並負責維護 GenBank DNA 序列資料庫。(B) 在 All Databases 下拉式選單中選擇 Genome,或從右方 Popular Resource 點選Genome(C) 進入 Genome 頁面(D) 可直接在搜尋欄位內輸入欲尋找物種的拉丁名稱,或點選 Browse By Organism 進入物種列表(E) 透過 Kindom、Group、SubGroup 對目標物...

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一分鐘了解肥胖基因

 小編的朋友一天到晚為了喝水也會胖、呼吸也會肥在煩惱,所以小編決定讓大家了解肥胖基因如何影響一個人的身材,以及有哪些肥胖基因大大的影響一個人的身材而造就易胖體質~~(下面是小編與朋友間的有趣對話 @@")1. 讓人食慾大開的FTO肥胖基因之王FTO,是迄今為​​止被研究最多的肥胖易感基因。自2007年,英國科學家首次報導FTO基因可能與肥胖相關聯以來,後續的大量研究表明FTO基因多態性與身體質量指數(BMI)、肥胖、代謝等...

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參考基因體該如何下載(1) - Ensembl

Ensembl由European Bioinformatics Institute(EBI)與Wellcome Trust Sanger Institute(WTSI)共同合作開發的Ensembl 資料庫覆蓋物種廣,資訊更新快;隨著技術發展和研究的深入,有的物種基因體會有多個版本,Ensembl 資料庫以最即時的更新受到廣大研究者的青睞。查詢方法一:以物種名稱進入如果想要直觀看到更多物種的基因體資訊,那請選擇方法一。(A) 進入 Ensembl 資料庫首頁(B) 點選 View full list of all Ensembl species...

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