記事一覧

海洋微生物種群結構與環境關係的研究

海洋不僅是人類的精神寄託之處,更是孕育生命的搖籃。40億年前,生命誕生於此,經歷漫長的進化,才有了今天這多姿多彩的世界。海洋中關於生命存在有許多未知之處,人類對於它的好奇和探索從未停止。今天我們來看一下關於海洋微生物的最新研究。塔拉海洋項目,一個由40個國家組成的國際研究團隊,在2009年到2013年之間乘坐110英尺長的雙桅船Tara,對太平洋、大西洋、印度洋等海域展開調查,在68個地點從水面到水下2000m的範圍採集了...

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16S定序研究高點數文章盤點分析

放眼望去,16S研究成果仍舊以腸道、水體、土壤為三大主力軍,其中腸道微生物多與病理研究相結合,而土壤微生物研究則與土質、不同植物的根系微生物相關聯進行研究,其他樣本類型還涉及淤泥、組織、空氣、發酵物等各領域。案例解析案例一. 腸道微生物可以影響宿主表型(Nature, 10.1038/nature14139)轉基因小鼠的表型差異一直難以被控制,許多案例中都表明,腸道微生物菌群是造成這種差異的原因之一。研究中選用小鼠的IgA 高表現和...

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RNA-seq在經費有限下該如何取捨定序深度及樣本量?

研究經費有限,面對提高定序深度或是樣本數,該如何取捨?採樣非常困難,大量樣本難以獲得,是否就難以得到理想的RNA定序結果?設置不同定序深度和重複樣本數對差異基因篩選有何影響?說到RNA定序的實驗方案設計,相信大家或多或少都有上述的困惑。雖然目前定序成本已大幅下滑,但樣本間設置多少重複樣本的問題,仍讓我們面臨超出經費預算的尷尬。那麼在有限的預算下想要盡可能提高手上定序資料的利用價值,我們究竟該選擇定序深度...

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微生物學上炙手可熱的meta研究

Meta - 最早源於電腦科學,是指通過特殊的控制,將一系列動作簡便化進行批次處理的程序。生物學上也有一系列的Meta應用,以獲得宏觀結果為目的,對大量個體研究數據進行統計分析及整合。近年來關於各種 Meta 的研究變得炙手可熱,讓我們來介紹一下吧~ Metadata- 樣品採集時需要蒐集的數據樣品採集是進行後續研究的關鍵步驟,從樣品採集到DNA提取前的每一個操作均應被記錄,包括:採集地資訊(詳細地點、理化性質、周邊...

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基準醫療的次世代定序雲端平台 - precisionFDA

     原創文章     引用請註明出處 2015年1月13日,美國總統歐巴馬在國情諮文上提出並宣布啟動“精準醫療”計劃,希望能使人類醫學利用分子診斷技術達成個體化醫療的目的。但目前人類對大多數與健康影響相關的變異因素仍亟需了解,解讀與分析基因序列及其意義是精準醫療計畫的重要一環。美國食品藥物管理局 (FDA)為了統一標準並讓全世界科學研究人員可共同合作分享研究成果...

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癌症檢測新靶標 - exosome circRNA

與傳統的線性RNA相比, circRNA是封閉環形結構,表達更加穩定,不易降解。外泌體(exosome)攜帶有蛋白、mRNA和microRNA等,可以作為疾病診斷的生物標記(Biomarker)。但是目前關於外泌體中circRNA研究較少,它是否可以作為疾病診斷的標誌物呢?小編利用一篇2015年發表於Cell Research的文章,來介紹研究人員首次在人血清中發現大量外泌體circRNA,並發現這些circRNA有可能作為癌症診斷新的生物標記。方法與結果實驗選取細胞、細胞分...

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Metagenome定序中的unmapping reads - 把垃圾變黃金

眾所皆知,青黴素在二戰時期拯救了無數人的生命,也讓發現者弗萊明(Alexander Fleming,1881-1955)獲得了諾貝爾醫學獎。若當年,弗萊明把無意間混入青黴素的培養皿當做垃圾丟掉,那麼人類將可能失去這個醫療上的偉大發現! 在高通量定序領域中,由於技術侷限,宏基因組(Metagenome)定序中的unmapping reads往往被當成『垃圾資料』而忽略掉。然而,我們從三篇Nature文章中找到了如何將宏基因組中的垃圾資料變成黃金的秘訣~...

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從腸道微生物耐受性談母乳餵養的好處

     原創文章     引用請註明出處母乳-腸道微生物-新生兒免疫現今世界各國大力提倡母乳餵養,大家皆認為母乳能提供給新生兒完整的養分與免疫力。近年來人類腸道菌群生態(gut microbiome)越來越受到研究上的關注,舉凡焦慮、憂鬱、自閉症、免疫、代謝、營養、肥胖症、糖尿病、帕金森氏症、阿茲海默症等多種疾病已被發現與腸道微生物存在密切相關。而母乳也曾被報導其所含複合物...

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微生物分析系列報導: LEfSe分析

研究微生物多樣性時,常會使用一種稱為“進化分支圖”的方式來呈現,這是在16S研究中常見的分析表現形式。LEfSe (Linear discriminant analysis (LDA) Effect Size) 是一種用於發現高維生物標記和篩選基因組特徵的分析演算法,能夠在組與組之間尋找統計上具顯著差異的生物標識(Biomarker),即組間在豐度上具有顯著差異的物種。此演算法強調的是統計意義和生物相關性。圖1 16S LEfSe進化分支圖以上圖為例:在進化分支圖中,由內至外...

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The DNA Journey - DNA尋根之旅

     原創文章     引用請註明出處The DNA Journey   多年前小編就看到不少基因公司或機構投入於人類尋根與藥物疾病預測的工作,目的就是希望能藉由檢測技術讓每個人都能更了解自己、看到更多自己所未曾了解的過去。舉凡祖先起源、家庭繼承、疾病風險預測、藥物反應預測都是被含括在內的項目,檢測方式則以唾液及口腔粘膜收集為檢測樣品,其中最知名的莫過於 23andM...

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