記事一覧

NGS篩選肺癌藥物作用靶點

“知己知彼方能百戰不殆”,癌症是世界性難題,NGS為科學家們提供一條能夠戰勝癌症的方向,利用NGS對癌組織細胞進行測序,幫助科學家從基因層面認識癌症、了解癌症,以期找到能夠徹底戰勝癌症的方法。小編就藉由一篇發表在 JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY雜誌 (IF:18.428)的研究《Next-Generation Sequencing of Pulmonary Sarcomatoid Carcinoma Reveals High Frequency of Actionable MET Gene Mutations》,來看一下科學家們...

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重定序(Re-sequencing)常見專有名詞,你知道幾個呢?

 從小到大不管是學習中文還是英文,都需要先學會一些中文詞或英文單字,有了基本的認識才能更深入的去學習。在NGS領域也是一樣,當然要先對專有名詞有基本的認識了解,才能學習起來不會一知半解也能快速的進入狀況摟~~既然要講重定序常見專有名詞,那當然要先論一下什麼是重定序呢?全基因體重定序是對已知基因體序列的物種進行不同個體的基因組定序,並在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。基於全基因體重定序技術,可...

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身為資深吃貨,該如何健康飲食呢?

 “You Gonna Eat That ? Appetite and Energy Balance”1. 禁食,給減肥一個“冠冕堂皇”的理由部分的瑜伽練習者會採取禁食的方法來進行練習,配以合理運動和調理,以達到身心健康和愉悅的目的。很多宗教人士也會定時禁食,從而使得身心得到淨化。那麼,對於禁食這項行動,科學近期進行了解答。有關禁食過程中細胞代謝的研究發現,在禁食過程中,細胞的氧化損失和發炎反應會減少,同時能量的代謝得以優化,細胞的自我保護能...

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腸道微生物"村落"交互作用研究新趨勢

  俗話說:“物以類聚,人以群分”。人類在群居社會中,往往有抱團取暖的現象,而出乎我們意料的是,寄居在我們體內的病毒、細菌、寄生蟲等微生物竟然也有這種趨勢!!他們不僅會選著一個合適的地方定居下來,形成一個個“村落”,而且彼此之間還互有通訊,共同經營著他們​​賴以生存的“腸道生態系統”。那麼,面對這樣錯綜複雜的“村落”關係,該用什麼樣的研究方法進行呢?就讓我們從三大國際期刊看一看科學家們是怎麼玩轉他們...

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小小微生物,影響廣又深 - 美國白宮微生物組研究計畫

     原創文章     引用請註明出處 小小微生物,影響廣又深 - 美國微生物組研究計畫過去,微生物曾經被研究人員所忽視,但是微生物廣泛存在於人體、土壤、海洋、植物等地球上各種環境中,可說是無所不在,這些微生物群落也大大影響著人類健康、糧食生產甚至是氣候變化。也由於微生物組對於地球及動植物影響巨大,因此美國白宮於本月13日宣布啟動『國家微生物組計畫』。...

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腸型分析 (Enterotypes)

腸型分析(Enterotypes)腸型的發現  2011年,在nature雜誌第一次提出腸型的概念,並將其定義為“聚集在高維空間裡的微生物體特徵,是有限的宿主-微生物共生穩態時的微生物群落結構”;最早提出有3種腸型,分別以富集擬桿菌Bacteroides、普氏菌Prevotella和瘤胃球菌Ruminococcus(species group)為特徵;此發現被當年Science雜誌評為2011年度重大科技突破事件 [1]。腸型的發展  2011年,Science雜誌報導稱長期的飲食...

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腫瘤細胞也愛“吃糖”?

  愛吃糖的腫瘤細胞到底是怎麼一回事?癌症是一種嚴重危害人類健康的疾病,並且發病率逐年升高,如今常規的方法大多數是進行外科手術、化學藥物治療和放射治療,但往往效果不佳並且伴隨強烈的副作用,所以尋找一種新的有效的方法也迫在眉睫。惡性膠質瘤是一種惡性的、具有非常高代謝活性的,典型的對目前治療方法有抵抗的腫瘤,沒有較好的治療方法,一般病人的平均生存期在9~12個月,生存超過5年的不超過5%。隨著許多腫...

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大家都說 RNA-seq 好,究竟好在哪裡??

      原創文章     引用請註明出處過去十幾年做基因表現與調控網路的專家們都使用過微陣列 (Microarray) 平台作為研究工具,而在次世代定序技術出現後,想必一定常聽到要做基因表現分析應該要用RNA-seq來進行會比較好 ,那你一定會問小編,究竟哪裡好?總得給我個交待、給我個滿意的理由吧!!那小編就來為大家比較一下 RNA-seq  Microarray 摟~~豎起...

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RNA定序策略選擇的糾結!

  各位在NGS-轉錄組研究沙場上拼鬥時,是否曾糾結過定序策略的選擇問題?糾結1. 要進行雙端 (Paired End) 定序,還是單端 (Single End) 已足夠?糾結2. 讀長 (read) 的選擇又會如何影響後期的差異基因篩選?糾結3. 定序讀長的選擇是否越長越好?這些糾結問題,我們就交由一篇發表於 Genome Biology 的文章來面對大家好好解釋交代一番~~ 該文作者藉由對雙端101bp定序序列截取生成25bp、50bp、75bp及100bp的單端或...

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RNA-seq中GO、KEGG結果圖如何解讀

GO(gene ontology)資料庫,收集的是對各種物種基因功能進行限定和描述的標準詞彙(term),是國際標準化的基因功能描述分類系統。根據基因產物的相關生物學過程( biological_process)、細胞組成 (cellular_component)以及分子功能(molecular_function)三個大類分別給予定義,而每一大類下又包含更多層級具體term,這些定義與具體物種無關。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一個綜合資料庫,整合了基因體...

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