記事一覧

WGS vs. WES

     原創文章     引用請註明出處全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢?  圖一: 常見的三種DNA定序種類,以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類(圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/)相信這個問題一定很多研究人員都曾想過,其實標準答案就是---------------如果有足...

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人類參考基因體

     原創文章     引用請註明出處人類參考基因體 (Human Reference Genome)  人類參考基因體的第一版印刷品作為一系列書籍展示,在倫敦的Wellcome Collection中展出 (圖片來源 )人類基因體計畫(Human Genome Project, HGP)目的是希望解碼人類 30 億對鹼基對的序列,2000年6月26日,美國總統柯林頓與英國首相布萊爾共同宣布人類基因體計劃工作草圖完成。接下...

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教你如何利用外顯子體定序發表高分SCI文章

雖然一項科研成果不能僅用一篇或幾篇SCI文章來評價,但發表高水平的SCI文章確實在一定程度上反映了研究人員的研究能力。在眾多定序方法中,外顯子體定序技術是比較常見且發表文章數量比較多​​的一種,今天,小編就來談談利用外顯子體定序發表的文章。在此之前,我們先來了解一下什麼是外顯子體定序吧!外顯子體定序(Whole Exome Sequencing, WES)是利用探針雜交富集外顯子區域的DNA序列,透過高通量定序,發現與蛋白質功能改變相...

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Nature Genetics最新發現:揭示CBF相關急性骨髓性白血病基因圖譜

急性骨髓性白血病 (acute myeloid leukemia,AML) 是白血病中非常常見的一種,主要特點是反覆的細胞生成異常,以及發生包括核心結合因子 (core-binding factor,CBF) 在內的重組。為了更好地解釋核心結合因子相關急性骨髓性白血病 (CBF-AML)的基因圖譜,來自美國聖裘德兒童研究醫院的James R Downing專案小組分析了87例兒童和78例成人患者的樣本,包括85例RUNX1-RUNX1T1和80例CBFB-MYH11 AMLs。對這165例樣本中的17例進行全基因體...

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中草藥基因體匯總《續》

上上周小編和大家一起分享了四個中草藥基因體文章解析(中草藥基因體匯總),這次小編再和大家分享四種中草藥基因體定序文章。丹參(GigaScience、Molecular Plant) 唇形科植物,傳統的中草藥,全國大部分地區都有分佈,生於向陽山坡草叢、林邊等地,起初主要用於治療心腦血管疾病,具有活血祛瘀、清心除煩、涼血消癰等功效。                          &#...

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中草藥基因體匯總

2015年因為青蒿素的發現,中國科學家屠呦呦獲得了諾貝爾生理學獎,實現了中國科學家獲諾貝爾獎數零的突破,也使中草藥在國際上獲得了極大認可。天然藥物製藥迎來了良好發展機遇,再次讓全世界認識了中草藥的重要性,現在小編就帶大家一起回顧中草藥基因體相關文章。甘草(The Plant Journal)豆科植物甘草屬,重要的藥用植物,是一種補益中草藥。藥用部位是根及根莖,具有改善肝功能、抗發言、治療胃痛、腹痛等多種功效。同時,甘...

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簡化基因體定序技術-GBS(Genotyping-by-Sequencing)

GBS(Genotyping-by-Sequencing)是一種常見的簡化基因體定序技術,其原理是將基因體DNA進行酶切,然後對酶切片段兩端序列進行高通量定序,透過分析獲得SNP資訊並進行基因分型,是一種快速、簡便、低成本的基因分型方法,適合對大規模樣品進行標記篩選。近年來,透過GBS技術進行高通量定序,發表的文章數量逐年攀升,其中不乏高分文章!接下來小編將帶領大家來領略一下GBS的風采。案例一 基於GBS技術的高粱農藝性狀全基因體關聯分...

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液態活檢ctDNA 技術

自從美國總統歐巴馬提出精準醫療一詞後,與精準醫療相關的產業持續火熱,要實現個人化治療,首先要攻克即時監測診斷技術。之前小編分享過液態活檢、外泌體等相關診斷技術,今天繼續給大家分享最近火熱的液態活檢之ctDNA 技術!定義講解ctDNA之前,先了解一下cfDNA的定義,cfDNA(cell free DNA),是血漿中游離存在的DNA,有的來自正常細胞,有的來自異常細胞(如腫瘤細胞);而ctDNA是由腫瘤細胞釋放到血漿中的單鍊或者雙鏈DNA,...

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SNP分析知多少?

 基礎知識概念篇SNP(single nucleotide polymorphism),單核苷酸多型性,在基因體上由單個核苷酸變異形成的遺傳標記,一般指變異頻率大於1%的單核苷酸變異。用英文的描述方法是:“If more than 1% of a population does not carry the same nucleotide at a specific position in the DNA sequence, then this variation can be classified as a SNP.”,值得注意的一個名詞是“population”同英文文章中對樣本表述的“array”...

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