記事一覧

普氏分析 (Procrustes analysis)

     原創文章     引用請註明出處 多體學(Multiomics)是將多筆體學資料,像是轉錄體(transcriptome)、 蛋白質體(proteome)、微生物體(microbiome)、代謝體(metabolome)... 等整合研究,藉以推測潛在的因果關係(文章回顧:多體學新思維)。然而,多資料整合也有可能會遇上兩資料集相互無法解釋的情況。假設我們手中有代謝體資料跟微生物體資料,要如何得知「微...

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多重關聯分析 HAllA

     原創文章     引用請註明出處  熱圖(Heatmap)是多體學關聯分析常見的呈現方式,目的是將不同體學觀察值的相關性透過熱圖呈現,顏色與統計說明體學資料間的關聯程度。常見也有將「微生物統計顯著數值」和「微生物相對豐度」與熱圖整合呈現,如下圖。HAllA (Hierarchical All-against-All association) 是一個針對多維度、異質型資料的多重關聯分析工具[1]。HAl...

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16S/Metagenomics & Metabolomics 多體學新思維

     原創文章     引用請註明出處16S和Metagenomics能夠幫助科學家了解樣品內微生物的組成,甚至藉由metagenomics能夠解析基因功能,進一步了解微生物是如何影響宿主。單一體學的結果只能在因果關係中知道”果”的部分,缺少其他證據來證實這樣的果是如何造成的,因此近幾年來,多個體學的結合應用備受關注。圖一是目前多體學的研究思維,主要以腸道菌與宿主為例,分享三篇文獻...

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