記事一覧

單細胞定序分析介紹 (七): 細胞的命運PHATE or Fate

     原創文章     引用請註明出處 PHATE分析計算流程單細胞資料分析當中,最關鍵的步驟可以說是細胞聚類的結果;而細胞聚類牽涉到許多數學模型的設計,不論是高維資料轉換(降維)、去除雜訊(denoising)以萃取核心訊息等,都會影響到最後細胞分群結果,也因此不斷有方法推陳出新以求真實呈現細胞的聚類分佈。細胞的命運fate,阿不是,是PHATE(Potential of Heat diffu...

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10x Genomics 新知分享-單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用

     原創文章     引用請註明出處[新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後,有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外,也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這個全球矚目的議題上面,藉由此項技術的特性,此類的研究主要可...

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單細胞定序分析介紹 (六): 細胞標記 SingleR介紹

     原創文章     引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫,這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據,包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解(一個 cell type 可能有多個重複)。注意,小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1),新版本已整合至bioconductor,方法及說明可能略有不同,若對新版本...

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單細胞定序分析介紹 (五): 細胞標記 Cell type annotation

     原創文章     引用請註明出處 細胞類型標記(細胞註釋)一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員,也許可以透過細胞相關的 marker genes,加上該細胞的註釋,進而研究新的細胞亞群;這時候,有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。小編以下整理幾個資料庫供大家參考:Marker-basedPanglaoDB [1]目前(2020.5.25)收錄人...

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單細胞定序分析介紹 (四): 單細胞研究資料庫

     原創文章     引用請註明出處  先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章,有些人可能會有疑問:那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢?除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外,還有哪裡可以搜尋相關文獻呢?有什麼資料庫可以參考?我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫(選單 > Resources > Publications),但如果想看其他單細胞技術的研究呢? &#...

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單細胞定序分析介紹 (三): Batch Effect

     原創文章     引用請註明出處  Schematics of batch-effect correction by MNN [1]繼前兩篇的單細胞分析介紹(一)、單細胞分析介紹(二)之後,相信大家對單細胞分析有一定的認識,聽到單細胞眼睛都亮起來了對吧?那麼我們今天要更進一步介紹的是批次效應 (batch effect) ,這個問題在其他類型的資料已被廣泛討論,目前在單細胞分析領域來說也是很夯的議題。所以.....

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單細胞定序分析介紹 (二): Seurat

     原創文章     引用請註明出處  (Seurat Vignettes)隨著定序技術以及微流體技術的發展,單細胞定序的技術也越來越純熟。實驗技術方面全力衝刺,當然在後端資料分析研究也不能落人後!今天小編要來跟大家介紹一個強大的單細胞分析R套件 – Seurat [1][2]。它有多厲害呢?嘿嘿,就讓我們繼續看下去。我們這次介紹的是它的基本功能(Guided tutorial Vignettes [3])。...

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單細胞定序分析介紹 (一): Cell Ranger

     原創文章     引用請註明出處 (10x Genomics, Loupe Browser)單細胞定序的研究發展至今已經十幾年了。從下面這張圖[1]顯示每年新發表的單細胞定序技術,可偵測到的細胞數目近乎指數成長,每一年與前一年相比都是10倍上升,這也揭示單細胞定序發展的潛力。今天要跟大家介紹一個由 10x Genomics 公司所開發的分析流程化軟體Cell Ranger [2],功能有:比對參...

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人體版的Google Map-人類細胞圖譜計畫

     原創文章     引用請註明出處人類細胞圖譜計畫 (Human Cell Atlas)1990年代,美國國立衛生研究院(NIH, National Institutes of Health)提出了人類基因體計畫(HGP, Human Genome Project),並在2003年完成了第一組的人類基因體定序,這個集合了多個不同的國家,超過20所學校及研究單位共同執行,並耗資了數億美元所得到的成果深深的影響當前的醫療科技走向,其中包含再生醫...

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