記事一覧

魚與熊掌皆可兼得–Pacbio定序原理淺談

     原創文章     引用請註明出處 Pacific Biosciences of California (PACB) 是一家成立於2004年的生物技術公司,總部位於美國加州門洛帕克(Menlo park),主要進行基因定序儀器的開發和製造。該公司於2020年10月5日發表旗下最新一代的定序儀器–Sequel® IIe System,提高了儀器的運算效率和新增原機數據處理功能,提供更快速與更經濟的長讀序定序工具。   Pacbio...

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任何人在任何地方都可以定序的技術–Nanopore定序技術淺談

     原創文章     引用請註明出處  Oxford Nanopore Technologies (ONT) 總部設立於英國,是一家提供奈米孔偵測電流變化的定序儀製造商,該技術節省了光學訊號偵測時間,提供了比NGS更快速的定序工具。   ONT於2014年所發表的第一台定序儀–MinION,是在人工合成的高電阻薄膜上鑲嵌數百個奈米孔,奈米孔結構類似生物細胞膜上的跨膜蛋白,當薄膜兩端施加電位差時,...

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單細胞定序 新知分享-Smart-seq3: 單細胞RNA定序的思考新方向

     原創文章     引用請註明出處[新知分享] Smart-seq3: 單細胞RNA定序的思考新方向近年來,單細胞定序技術的突飛猛進帶動了在細胞發育與再生醫學、腫瘤微環境、免疫學相關研究、藥物開發、精準醫療等不同領域中重大的突破與發現。在這樣的趨勢下,也造就了單細胞定序平台百家爭鳴的現象,其中又以10x Genomics的單細胞平台因為高通量的設計、回收率高以及完整的分析流程而扮...

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單細胞定序分析介紹 (八): CellChat 細胞交互作用

     原創文章     引用請註明出處  單細胞實驗設計讓我們可以更迅速且準確的掌握每個細胞涵蓋的訊息,把實驗做好做滿之外,如何解讀實驗設計並完整闡述一個故事,又是後期分析的另一項大考驗。近期有不少 paper 提到 Cell-Cell communication (Ligand-Receptor)[1-5],透過 Ligand-Receptor 推測「細胞群」之間的互動關係。以下簡述這種分析在...

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PICRUSt2 功能預測分析

     原創文章     引用請註明出處先前於 PICRUSt功能預測提琴圖/箱型圖 一文中介紹過 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) 是一種基於標記基因序列來預測基因功能的工具,其 2013 年發表後至今已有四千多次的文獻引用[1]。如今,釋出了升級版本 PICRUSt2[2, 3],於各方面改善 PICRUSt1 原有的分析限制。以下為此次升...

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如何隨時掌握最新發表的文獻?全靠小助手 - PubMed

       原創文章     引用請註明出處 PubMed 資料庫越來越龐大,之前小編有一篇文章教大家在茫茫文獻大海中,如何正確找到自己需要的內容(PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料)。而從事研究的過程中,如何掌握相關領域的進展是一件相當重要的事,又或者是掌握競爭實驗室的發表動態更是至關重大(深怕做得比人慢卻又不知道)!但如果單靠「工人智慧」每天去關鍵...

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單細胞定序分析介紹 (七): 細胞的命運PHATE or Fate

     原創文章     引用請註明出處 PHATE分析計算流程單細胞資料分析當中,最關鍵的步驟可以說是細胞聚類的結果;而細胞聚類牽涉到許多數學模型的設計,不論是高維資料轉換(降維)、去除雜訊(denoising)以萃取核心訊息等,都會影響到最後細胞分群結果,也因此不斷有方法推陳出新以求真實呈現細胞的聚類分佈。細胞的命運fate,阿不是,是PHATE(Potential of Heat diffu...

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如何獲得高品質的RNA?

     原創文章     引用請註明出處 RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色,一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外,利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定,也容易受到很多因素的影響而發生降解。因此,獲得高品質的RNA樣品變成是許多研究者努力的目標。在人體...

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10x Genomics 新知分享-單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用

     原創文章     引用請註明出處[新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後,有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外,也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這個全球矚目的議題上面,藉由此項技術的特性,此類的研究主要可...

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單細胞定序分析介紹 (六): 細胞標記 SingleR介紹

     原創文章     引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫,這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據,包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解(一個 cell type 可能有多個重複)。注意,小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1),新版本已整合至bioconductor,方法及說明可能略有不同,若對新版本...

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單細胞定序分析介紹 (五): 細胞標記 Cell type annotation

     原創文章     引用請註明出處 細胞類型標記(細胞註釋)一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員,也許可以透過細胞相關的 marker genes,加上該細胞的註釋,進而研究新的細胞亞群;這時候,有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。小編以下整理幾個資料庫供大家參考:Marker-basedPanglaoDB [1]目前(2020.5.25)收錄人...

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