記事一覧

聰明反被聰明誤 - Excel 影響基因研究的正確性

     原創文章     引用請註明出處 Excel 提供科學研究者一個簡單操作易於研究的工具,可以方便地用於檢視表格、資料篩選、統計與繪圖等,但 Excel 常因太過"聰明"而自動轉換成不正確的結果,例如:基因名稱或資料庫編號,根據統計有大量的論文與公開資料庫上出現名稱轉換上的錯誤,這問題嚴重影響了生命科學領域研究結果的正確性。(詳見先前報導:都是Excel惹的禍-20%的...

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微生物多體學研究的黃金十年 - To Be Continued

     原創文章     引用請註明出處 人類微生物研究的下個黃金十年人體微生物體計劃(Human Microbiome Project, HMP)在2007年被提出之後,第一階段(HMP1, 2008-2012)共投入1.15億美金,主要關注於健康人群的人體微生物,對人體各部位如鼻腔、口腔、皮膚、腸道以及生殖道等部位進行微生物體檢測,初步幫助科學家了解人體各部位微生物群,並藉由發起第二階段人類微生物體整...

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FAPROTAX 菌群功能預測

     原創文章     引用請註明出處FAPROTAX (Functional Annotation of Prokaryotic Taxa)是 Louca 等人為解析微生物群落功能於 2016 年創建的資料庫,主要基於原核微生物分類的功能註釋並在2016年發表於Science [1]。 FAPROTAX 可適用於對環境樣本(如海洋、湖泊等)的生物地球化學循環過程(特別是碳、氫、氮、磷、硫等元素循環)進行功能預測 [2]。FAPROTAX 不僅為預測環境...

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RNA-seq 分析工具大比拼

      原創文章     引用請註明出處RNA-seq 已是非常成熟且廣為使用的技術,各種分析工具也不斷的被發展、進化與發表。2017 年在 Nature Communications 上發表的文章『Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis』以 short- (illumina) & long-read (PacBio) 對 15 個樣品 (正常人類樣本、...

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microPITA協助從16S挑選總體基因體目標樣本

      原創文章     引用請註明出處目前研究的趨勢已從多樣性分析 (16S/18S/ITS) 進入到總體基因體 (Whole Metagenomic Sequencing) 的時代。但相較 16S rRNA 定序,總體基因體定序及分析複雜且昂貴許多,因此如何從大量的多樣性定序樣本中,篩選出具代表性、感興趣且欲深入探討功能的樣本,便顯得相當重要!但有時對於應該選擇多少數量的樣本做後續的探討,以及選出的樣...

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口腔微生物與口腔疾病的關係

     原創文章     引用請註明出處國人往往疏忽口腔健康問題,根據衛福部統計,台灣2~3歲兒童蛀牙率約 31%,到了6歲蛀牙率更增加到 79%,而成年人也有近8成有牙周病問題。每年3月20日是「世界口腔健康日」,讓我們一同以科學研究成果關心口腔微生物與口腔健康的關係吧!口腔微生物與齲齒、牙菌斑、牙結石、牙周病、口腔黏膜潰爛等有密不可分的關係。在國際大型研究計畫中(HMP)...

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Tax4fun 菌群功能預測

     原創文章     引用請註明出處Tax4fun是一個以R 語言開發的基因功能預測套件,能依據 16S 數據進行菌群功能預測。與 PICRUSt 同是基於 marker gene 進行總體基因體功能預測的工具。相較 PICRUSt 推斷序列共同祖先後預測基因功能,Tax4fun 是基於透過 KEGG 原核基因體註釋資訊的序列直接地進行基因功能預測。Tax4Fun 使用 SILVA(Release 123) 作為資料庫來源,並基於此資...

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eHOMD人類口腔微生物資料庫

      原創文章     引用請註明出處人類口腔中存在大量微生物,其中大部分為人體共生微生物菌群,口腔微生物在出生過程中經由產道與母體接觸,以及出生後從外界經由飲食、吸菸、衛生習慣等產生變化,而這些口腔微生物菌相能夠改變局部及全身的健康與疾病之間的平衡,與人體免疫系統及口腔疾病息息相關,如齲齒、牙齦炎、牙周病、粘膜病(如扁平苔蘚、白斑)、口腔癌、植體...

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口腔微生物口臭預測模型

     原創文章     引用請註明出處利用機器學習模型預測口腔疾病的發生已有不少研究,例如2015年的研究,建構齲齒預測模型達到透過口腔微生物變化早期發現疾病的發展,預測準確率達81%[1],另一篇2018發表的齲齒發生的預測模型準確度則達93.1%[2]。另外關於牙齦炎的研究,亦有利用牙菌斑菌相結構所開發的預測模型群體驗證的準確度95%[3]。除了齲齒或牙齦炎等口腔疾病外,口臭也...

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