記事一覧

RNA-seq 分析工具大比拼

      原創文章     引用請註明出處RNA-seq 已是非常成熟且廣為使用的技術,各種分析工具也不斷的被發展、進化與發表。2017 年在 Nature Communications 上發表的文章『Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis』以 short- (illumina) & long-read (PacBio) 對 15 個樣品 (正常人類樣本、...

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microPITA協助從16S挑選總體基因體目標樣本

      原創文章     引用請註明出處目前研究的趨勢已從多樣性分析 (16S/18S/ITS) 進入到總體基因體 (Whole Metagenomic Sequencing) 的時代。但相較 16S rRNA 定序,總體基因體定序及分析複雜且昂貴許多,因此如何從大量的多樣性定序樣本中,篩選出具代表性、感興趣且欲深入探討功能的樣本,便顯得相當重要!但有時對於應該選擇多少數量的樣本做後續的探討,以及選出的樣...

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口腔微生物與口腔疾病的關係

     原創文章     引用請註明出處國人往往疏忽口腔健康問題,根據衛福部統計,台灣2~3歲兒童蛀牙率約 31%,到了6歲蛀牙率更增加到 79%,而成年人也有近8成有牙周病問題。每年3月20日是「世界口腔健康日」,讓我們一同以科學研究成果關心口腔微生物與口腔健康的關係吧!口腔微生物與齲齒、牙菌斑、牙結石、牙周病、口腔黏膜潰爛等有密不可分的關係。在國際大型研究計畫中(HMP)...

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Tax4fun 菌群功能預測

     原創文章     引用請註明出處Tax4fun是一個以R 語言開發的基因功能預測套件,能依據 16S 數據進行菌群功能預測。與 PICRUSt 同是基於 marker gene 進行總體基因體功能預測的工具。相較 PICRUSt 推斷序列共同祖先後預測基因功能,Tax4fun 是基於透過 KEGG 原核基因體註釋資訊的序列直接地進行基因功能預測。Tax4Fun 使用 SILVA(Release 123) 作為資料庫來源,並基於此資...

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eHOMD人類口腔微生物資料庫

      原創文章     引用請註明出處人類口腔中存在大量微生物,其中大部分為人體共生微生物菌群,口腔微生物在出生過程中經由產道與母體接觸,以及出生後從外界經由飲食、吸菸、衛生習慣等產生變化,而這些口腔微生物菌相能夠改變局部及全身的健康與疾病之間的平衡,與人體免疫系統及口腔疾病息息相關,如齲齒、牙齦炎、牙周病、粘膜病(如扁平苔蘚、白斑)、口腔癌、植體...

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口腔微生物口臭預測模型

     原創文章     引用請註明出處利用機器學習模型預測口腔疾病的發生已有不少研究,例如2015年的研究,建構齲齒預測模型達到透過口腔微生物變化早期發現疾病的發展,預測準確率達81%[1],另一篇2018發表的齲齒發生的預測模型準確度則達93.1%[2]。另外關於牙齦炎的研究,亦有利用牙菌斑菌相結構所開發的預測模型群體驗證的準確度95%[3]。除了齲齒或牙齦炎等口腔疾病外,口臭也...

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胎盤中的微生物來自何方?

     原創文章     引用請註明出處 近年科學家已深入探討微生物對新生兒健康的影響,並了解懷孕時母體健康亦顯著影響胎兒未來的微生物與健康狀態。例如:目前已知孕期母體腸道菌相、陰道感染、牙周病等皆會影響孕期與健康的孕育,另外生產前後是否使用抗生素、剖腹產或自然產、產後嬰兒喝母乳或配方奶以及生命早期是否服用抗生素等,皆會影響嬰幼兒體表與體內微生物菌相結...

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16S/Metagenomics & Metabolomics 多體學新思維

     原創文章     引用請註明出處16S和Metagenomics能夠幫助科學家了解樣品內微生物的組成,甚至藉由metagenomics能夠解析基因功能,進一步了解微生物是如何影響宿主。單一體學的結果只能在因果關係中知道”果”的部分,缺少其他證據來證實這樣的果是如何造成的,因此近幾年來,多個體學的結合應用備受關注。圖一是目前多體學的研究思維,主要以腸道菌與宿主為例,分享三篇文獻...

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生物學重複與定序深度在RNAseq研究中何者重要?

     原創文章     引用請註明出處雖然目前定序成本已大幅下滑,但樣本間設置多少重複樣本的問題,仍讓我們面臨超出經費預算的尷尬。那麼在有限的預算下想要盡可能提高手上定序資料的利用價值,我們究竟該選擇定序深度還是樣本數目呢?小編找了三篇具代表性的高引用文章,來說明雖然定序深度對偵測差異基因很重要,但當滿足一定的定序深度後,其提昇的效果會逐漸不顯著。但若...

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