記事一覧

如何隨時掌握最新發表的文獻?全靠小助手 - PubMed

       原創文章     引用請註明出處 PubMed 資料庫越來越龐大,之前小編有一篇文章教大家在茫茫文獻大海中,如何正確找到自己需要的內容(PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料)。而從事研究的過程中,如何掌握相關領域的進展是一件相當重要的事,又或者是掌握競爭實驗室的發表動態更是至關重大(深怕做得比人慢卻又不知道)!但如果單靠「工人智慧」每天去關鍵...

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單細胞定序分析介紹 (七): 細胞的命運PHATE or Fate

     原創文章     引用請註明出處 PHATE分析計算流程單細胞資料分析當中,最關鍵的步驟可以說是細胞聚類的結果;而細胞聚類牽涉到許多數學模型的設計,不論是高維資料轉換(降維)、去除雜訊(denoising)以萃取核心訊息等,都會影響到最後細胞分群結果,也因此不斷有方法推陳出新以求真實呈現細胞的聚類分佈。細胞的命運fate,阿不是,是PHATE(Potential of Heat diffu...

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如何獲得高品質的RNA?

     原創文章     引用請註明出處 RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色,一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外,利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定,也容易受到很多因素的影響而發生降解。因此,獲得高品質的RNA樣品變成是許多研究者努力的目標。在人體...

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10x Genomics 新知分享-單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用

     原創文章     引用請註明出處[新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後,有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外,也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這個全球矚目的議題上面,藉由此項技術的特性,此類的研究主要可...

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單細胞定序分析介紹 (六): 細胞標記 SingleR介紹

     原創文章     引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫,這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據,包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解(一個 cell type 可能有多個重複)。注意,小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1),新版本已整合至bioconductor,方法及說明可能略有不同,若對新版本...

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單細胞定序分析介紹 (五): 細胞標記 Cell type annotation

     原創文章     引用請註明出處 細胞類型標記(細胞註釋)一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員,也許可以透過細胞相關的 marker genes,加上該細胞的註釋,進而研究新的細胞亞群;這時候,有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。小編以下整理幾個資料庫供大家參考:Marker-basedPanglaoDB [1]目前(2020.5.25)收錄人...

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單細胞定序分析介紹 (四): 單細胞研究資料庫

     原創文章     引用請註明出處  先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章,有些人可能會有疑問:那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢?除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外,還有哪裡可以搜尋相關文獻呢?有什麼資料庫可以參考?我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫(選單 > Resources > Publications),但如果想看其他單細胞技術的研究呢? &#...

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PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料

      原創文章     引用請註明出處 生物醫學研究最常使用的資料庫莫過於 PubMed 文獻搜尋,但由於 PubMed 資料庫越來越龐大,如何在茫茫大海中正確找到自己需要的內容便顯著相當重要,因此如何對檢索結果進行篩選,例如篩選可投稿期刊、查詢領域內專家的論文與研究方向、各國家發表論文的分佈等是科學家們所關注的重點。PubReMiner 是由荷蘭學者 Jan Koster 開發的...

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強大的功能注釋工具 - ConsensusPathDB

      原創文章     引用請註明出處 功能注釋(Functional Annotation)在基因體或轉錄體研究扮演非常重要的角色,最知名的網站工具以 DAVID 為代表(https://david.ncifcrf.gov/),DAVID 是一個功能相當強大的基因與功能分析平台,但由於其最後一次更新已距今三年半(DAVID 6.8 Oct. 2016),因此小編來為大家介紹一個同樣也功能強大且十年來持續有在更新及發表論...

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普氏分析 (Procrustes analysis)

     原創文章     引用請註明出處 多體學(Multiomics)是將多筆體學資料,像是轉錄體(transcriptome)、 蛋白質體(proteome)、微生物體(microbiome)、代謝體(metabolome)... 等整合研究,藉以推測潛在的因果關係(文章回顧:多體學新思維)。然而,多資料整合也有可能會遇上兩資料集相互無法解釋的情況。假設我們手中有代謝體資料跟微生物體資料,要如何得知「微...

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WGS vs. WES

     原創文章     引用請註明出處全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢?  圖一: 常見的三種DNA定序種類,以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類(圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/)相信這個問題一定很多研究人員都曾想過,其實標準答案就是---------------如果有足...

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