記事一覧

生物學重複與定序深度在RNAseq研究中何者重要?

     原創文章     引用請註明出處雖然目前定序成本已大幅下滑,但樣本間設置多少重複樣本的問題,仍讓我們面臨超出經費預算的尷尬。那麼在有限的預算下想要盡可能提高手上定序資料的利用價值,我們究竟該選擇定序深度還是樣本數目呢?小編找了三篇具代表性的高引用文章,來說明雖然定序深度對偵測差異基因很重要,但當滿足一定的定序深度後,其提昇的效果會逐漸不顯著。但若...

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細菌也會跟隨著癌細胞一同轉移

     原創文章     引用請註明出處近年研究發現,細菌與疾病、癌症的發生有密不可分的關聯性,尤其是大腸癌的發生、診斷、治療與腸道菌叢的研究,更是許多醫生及科研人員所關注的方向。例如香港中文大學的于君教授今年(2018)四月發表在Microbiome的研究,以多國收集來共526個總體基因體(metagenomics)樣品,鑑定出七種可作為診斷大腸癌生物標誌物的細菌菌種[1]。其中具核梭桿菌...

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人體基因對腸道菌影響微乎其微

     原創文章     引用請註明出處人類腸道微生物組成受許多因素所影響,但宿主遺傳的相對貢獻仍難以釐清。雖然目前已知自身的微生物體與父母相類似,一般認為可能是遺傳影響了人體微生物的差異,亦即基因決定了體內微生物的生長,因此以往研究著重於基因如何影響腸道微生物,但事實上也與全家人居住在相同的環境與相仿的飲食習慣有關係。今年(2018)二月由以色列魏茲曼科學研究...

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人體版的Google Map-人類細胞圖譜計畫

     原創文章     引用請註明出處人類細胞圖譜計畫 (Human Cell Atlas)1990年代,美國國立衛生研究院(NIH, National Institutes of Health)提出了人類基因體計畫(HGP, Human Genome Project),並在2003年完成了第一組的人類基因體定序,這個集合了多個不同的國家,超過20所學校及研究單位共同執行,並耗資了數億美元所得到的成果深深的影響當前的醫療科技走向,其中包含再生醫...

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微生物體系統生物學

     原創文章     引用請註明出處2017年5月12日Elizabeth A. Witherden等人在『Using systems biology approaches to elucidate cause and effect in host–microbiome interactions』文章中闡述目前微生物體研究在技術、計算、生物資訊分析上的侷限,因此提出應以系統生物學進行研究以確定關鍵微生物的相互作用和因果關係[2]。近日Beatriz Pen ̃ alver Bernabe ́ , Lauren Cra...

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腸道菌給人類的禮物:維他命B群

     原創文章     引用請註明出處人類的總體基因數目大約是二萬五千個,和其他哺乳類動物相比,身為萬物之靈的人類基因數目並無特別之處。科學家們不斷地尋找人類之所以能成為地球上優勢智慧物種的原因,各種假說眾說紛紜,直到現今仍然沒有明確的定論。小編今天要探討的是人類的第二個基因體,也就是腸道中所有細菌的基因庫(又稱總體基因體,metagenome),這個基因庫包含了將...

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10x Genomics 讓 “腸識” 變成 “常識”

     原創文章     引用請註明出處      “腸道益生菌”, “腸道菌相的平衡” 可以說是近來最熱門的討論話題。目前,社會大眾漸漸了解腸道內細菌的種類、數量跟身體的免疫系統以及很多疾病的發生息息相關,但是除了這些之外,腸道本身的健康也是另一個不容忽視的環節。腸道內細胞每天都有大量的磨損,為了維持腸道本身的健全,腸道幹細胞(Lgr5+ intestinal stem cel...

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10x Genomics? CD player? 傻傻分不清楚?

     原創文章     引用請註明出處10x Genomics簡介最近小編常在開玩笑10x Genomics的操作平台看起來就像是一台CD player,然而近年來10x Genomics ChromiumTM儼然成為在單細胞RNA定序上最炙手可熱的平台,短短兩年內,用該平台研究單細胞轉錄體已發表8篇高影響因子的文章,平均影響因子為23.9,其中包含了2篇Cell跟1篇Nature的文章。該平台在單細胞轉錄體定序的研究上到底有哪...

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腸保年輕的秘密,讓鏘魚告訴你

     原創文章     引用請註明出處有一句話說:「老化從腸道開始」,點明了腸道對於健康生理機能的維持之重要性,今年四月發布在Nature的一則新聞中提到的一個有趣研究,則是從腸道菌的角度進一步佐證這個觀點。該項研究以鏘魚(killifish)做為模式動物,觀察牠們的腸道菌對個體老化的影響。結果相當地有趣:研究人員發現中年魚吃過年輕魚的糞便後,壽命明顯增長。   ...

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