記事一覧

單細胞定序分析介紹 (五): 細胞標記 Cell type annotation

     原創文章     引用請註明出處 細胞類型標記(細胞註釋)一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員,也許可以透過細胞相關的 marker genes,加上該細胞的註釋,進而研究新的細胞亞群;這時候,有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。小編以下整理幾個資料庫供大家參考:Marker-basedPanglaoDB [1]目前(2020.5.25)收錄人...

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單細胞定序分析介紹 (四): 單細胞研究資料庫

     原創文章     引用請註明出處  先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章,有些人可能會有疑問:那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢?除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外,還有哪裡可以搜尋相關文獻呢?有什麼資料庫可以參考?我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫(選單 > Resources > Publications),但如果想看其他單細胞技術的研究呢? &#...

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PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料

      原創文章     引用請註明出處 生物醫學研究最常使用的資料庫莫過於 PubMed 文獻搜尋,但由於 PubMed 資料庫越來越龐大,如何在茫茫大海中正確找到自己需要的內容便顯著相當重要,因此如何對檢索結果進行篩選,例如篩選可投稿期刊、查詢領域內專家的論文與研究方向、各國家發表論文的分佈等是科學家們所關注的重點。PubReMiner 是由荷蘭學者 Jan Koster 開發的...

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強大的功能注釋工具 - ConsensusPathDB

      原創文章     引用請註明出處 功能注釋(Functional Annotation)在基因體或轉錄體研究扮演非常重要的角色,最知名的網站工具以 DAVID 為代表(https://david.ncifcrf.gov/),DAVID 是一個功能相當強大的基因與功能分析平台,但由於其最後一次更新已距今三年半(DAVID 6.8 Oct. 2016),因此小編來為大家介紹一個同樣也功能強大且十年來持續有在更新及發表論...

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普氏分析 (Procrustes analysis)

     原創文章     引用請註明出處 多體學(Multiomics)是將多筆體學資料,像是轉錄體(transcriptome)、 蛋白質體(proteome)、微生物體(microbiome)、代謝體(metabolome)... 等整合研究,藉以推測潛在的因果關係(文章回顧:多體學新思維)。然而,多資料整合也有可能會遇上兩資料集相互無法解釋的情況。假設我們手中有代謝體資料跟微生物體資料,要如何得知「微...

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WGS vs. WES

     原創文章     引用請註明出處全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢?  圖一: 常見的三種DNA定序種類,以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類(圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/)相信這個問題一定很多研究人員都曾想過,其實標準答案就是---------------如果有足...

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DADA2

     原創文章     引用請註明出處DADA ( Divisive Amplicon Denoising Algorithm) 是一種校正擴增子序列錯誤的演算模型,分析不採用聚類方法建構 OTUs [1]。雖然過往研究通常採用 97% 或 99% 序列相似程度進行 OTU clustering 並以代表序列做後續分析,但也知道 OTU 並不能完全代表一個物種,因而限制了微生物物種分析的準確性。近年來,許多研究者相繼呼籲應捨棄 OTU 這種不...

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多重關聯分析 HAllA

     原創文章     引用請註明出處  熱圖(Heatmap)是多體學關聯分析常見的呈現方式,目的是將不同體學觀察值的相關性透過熱圖呈現,顏色與統計說明體學資料間的關聯程度。常見也有將「微生物統計顯著數值」和「微生物相對豐度」與熱圖整合呈現,如下圖。HAllA (Hierarchical All-against-All association) 是一個針對多維度、異質型資料的多重關聯分析工具[1]。HAl...

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GSEA 分析

     原創文章     引用請註明出處 基因表現研究從過去的 Microarray (Gene Expression Profile) 到 NGS (RNA-seq) 分析皆需要探究所謂的功能富集 (Functional Enrichment),而不管是做 GO 或 Pathway (KEGG / IPA / DAVID) 分析,皆需要透過基因表現的差異 (Over Representation Analysis, ORA)篩選出一組基因列表,藉由列表與功能資料庫比對計算獲得富集的資訊。但這個...

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人類參考基因體

     原創文章     引用請註明出處人類參考基因體 (Human Reference Genome)  人類參考基因體的第一版印刷品作為一系列書籍展示,在倫敦的Wellcome Collection中展出 (圖片來源 )人類基因體計畫(Human Genome Project, HGP)目的是希望解碼人類 30 億對鹼基對的序列,2000年6月26日,美國總統柯林頓與英國首相布萊爾共同宣布人類基因體計劃工作草圖完成。接下...

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單細胞定序分析介紹 (三): Batch Effect

     原創文章     引用請註明出處  Schematics of batch-effect correction by MNN [1]繼前兩篇的單細胞分析介紹(一)、單細胞分析介紹(二)之後,相信大家對單細胞分析有一定的認識,聽到單細胞眼睛都亮起來了對吧?那麼我們今天要更進一步介紹的是批次效應 (batch effect) ,這個問題在其他類型的資料已被廣泛討論,目前在單細胞分析領域來說也是很夯的議題。所以.....

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