記事一覧

DADA2

     原創文章     引用請註明出處DADA ( Divisive Amplicon Denoising Algorithm) 是一種校正擴增子序列錯誤的演算模型,分析不採用聚類方法建構 OTUs [1]。雖然過往研究通常採用 97% 或 99% 序列相似程度進行 OTU clustering 並以代表序列做後續分析,但也知道 OTU 並不能完全代表一個物種,因而限制了微生物物種分析的準確性。近年來,許多研究者相繼呼籲應捨棄 OTU 這種不...

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多重關聯分析 HAllA

     原創文章     引用請註明出處  熱圖(Heatmap)是多體學關聯分析常見的呈現方式,目的是將不同體學觀察值的相關性透過熱圖呈現,顏色與統計說明體學資料間的關聯程度。常見也有將「微生物統計顯著數值」和「微生物相對豐度」與熱圖整合呈現,如下圖。HAllA (Hierarchical All-against-All association) 是一個針對多維度、異質型資料的多重關聯分析工具[1]。HAl...

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GSEA 分析

     原創文章     引用請註明出處 基因表現研究從過去的 Microarray (Gene Expression Profile) 到 NGS (RNA-seq) 分析皆需要探究所謂的功能富集 (Functional Enrichment),而不管是做 GO 或 Pathway (KEGG / IPA / DAVID) 分析,皆需要透過基因表現的差異 (Over Representation Analysis, ORA)篩選出一組基因列表,藉由列表與功能資料庫比對計算獲得富集的資訊。但這個...

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人類參考基因體

     原創文章     引用請註明出處人類參考基因體 (Human Reference Genome)  人類參考基因體的第一版印刷品作為一系列書籍展示,在倫敦的Wellcome Collection中展出 (圖片來源 )人類基因體計畫(Human Genome Project, HGP)目的是希望解碼人類 30 億對鹼基對的序列,2000年6月26日,美國總統柯林頓與英國首相布萊爾共同宣布人類基因體計劃工作草圖完成。接下...

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單細胞定序分析介紹 (三): Batch Effect

     原創文章     引用請註明出處  Schematics of batch-effect correction by MNN [1]繼前兩篇的單細胞分析介紹(一)、單細胞分析介紹(二)之後,相信大家對單細胞分析有一定的認識,聽到單細胞眼睛都亮起來了對吧?那麼我們今天要更進一步介紹的是批次效應 (batch effect) ,這個問題在其他類型的資料已被廣泛討論,目前在單細胞分析領域來說也是很夯的議題。所以.....

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QIIME2

     原創文章     引用請註明出處2018 年 1 月, QIIME 團隊發出官方聲明,將不再進行 QIIME1 的更新與維護。取而代之的是 QIIME 2™ ,QIIME2 提供了一個具再現性、互動性與可擴展性的微生物體資料分析平台[1] (根據 Google Scholar 截至 2019/11/7 已有 42 篇論文引用)。QIIME2 繼承了 QIIME1 具有的分析功能,但整個 QIIME2 是經過重新設計並改寫而成的獨立新平台。以下介紹...

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基因名稱轉換工具

      原創文章     引用請註明出處生物資訊分析最重要的是如何提高結果的可讀性,其中基因名稱或 ID 轉換是最常見的問題。往往在不同資料庫或不同平台會有特定的 Gene ID,例如 Ensembl 人類基因會是 ENSG/ENST 為前綴開頭,而 NCBI/EntrezID 則為一串數字,但這些文數字可讀性相當低,因此需要將其轉換為 Gene Symbol Name 以及對應的別名 (alias),更進一步還能對應到...

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ANCOM 微生物組間差異物種分析

     原創文章     引用請註明出處微生物體資料分析通常為了考慮定序深度的差異,豐度會標準化為比例關係(例如,相對豐度)。而這樣的組成型資料常造成統計上的偏差,為了能改善其統計效力也發展出相應的分析方法。在進行相對豐度於組間的差異分析中,除了採用累計求合標準化(cumulative-sum scaling, CSS)方法的 metagenomeSeq[1] 外,目前QIIME2也提供另一個能檢測組間微生物...

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微生物物種-環境因子分析

     原創文章     引用請註明出處進行微生物群落研究時,往往會需要檢測菌相與不同環境變量(因子)間的相關性,例如:1. 微生物群落與生態環境變量間的相關性2. 人體微生物與疾病病程發展的相關性3. 不同藥物處理後,微生物組成與病情改善間的相關性因此需要透過特定的環境因子關聯模型,分析特定因子或因子組合對細菌物種的影響程度。今天我們就來聊聊有哪些分析方法可以進行...

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