記事一覧

10x Genomics? CD player? 傻傻分不清楚?

     原創文章     引用請註明出處10x Genomics簡介最近小編常在開玩笑10x Genomics的操作平台看起來就像是一台CD player,然而近年來10x Genomics ChromiumTM儼然成為在單細胞RNA定序上最炙手可熱的平台,短短兩年內,用該平台研究單細胞轉錄體已發表8篇高影響因子的文章,平均影響因子為23.9,其中包含了2篇Cell跟1篇Nature的文章。該平台在單細胞轉錄體定序的研究上到底有哪...

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腸保年輕的秘密,讓鏘魚告訴你

     原創文章     引用請註明出處有一句話說:「老化從腸道開始」,點明了腸道對於健康生理機能的維持之重要性,今年四月發布在Nature的一則新聞中提到的一個有趣研究,則是從腸道菌的角度進一步佐證這個觀點。該項研究以鏘魚(killifish)做為模式動物,觀察牠們的腸道菌對個體老化的影響。結果相當地有趣:研究人員發現中年魚吃過年輕魚的糞便後,壽命明顯增長。   ...

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微生物分析系列報導: PICRUSt功能預測提琴圖/箱型圖

     原創文章     引用請註明出處在介紹標題中提到的兩種概念類似的分析圖之前,小編先簡單介紹一種熱門的微生物體分析工具:PICRUSt。它的全名是”Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States”,中文的意思就是”隱性狀態重建群落進化分析”。更白話一點的說法,此項工具是將群落資料裡的隱性特徵以演算法重建,進行物種親緣演化分析,...

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微生物分析系列報導: 物種關聯分析

     原創文章     引用請註明出處相關性分析(correlation analysis)是研究隨機變量相關性的一種統計方法,用於研究現象之間是否存在某種依存關係,並對具有依存關係的現象探討其相關方向以及相關程度。這次小編就來為大家詳細介紹論文中常見的『優勢物種相關係數分析』及『物種關聯網絡分析』~~   優勢物種Spearman相關係數分析 在微生物研究中...

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個人化藥物治療不能忽略微生物的影響

     原創文章     引用請註明出處精準醫療是近年來最熱門的話題,醫學界與科學界無一不投注心力在個人化醫療上,而過去研究都將重點放在人類基因體個體化差異與藥物作用上,但已有越來越多的研究指出藥物作用不僅受到基因調控的影響,也會因體內微生物的結構而有所差異[1, 2]。先前小編報導過目前已知超過60個藥物效果會受到腸道菌影響,請見『藥不藥隨腸道菌的便』一文。目前...

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吃出頭好壯壯的腸道菌

     原創文章     引用請註明出處隨著大眾對於腸道菌的認識日益漸增,不少研究學者以及專家提倡以改變腸道菌相來達到治療疾病或是調整體質的做法。俗話說得好:「民以食為天」,人類自古以來便十分重視「吃」這件事,不只要吃得飽,更要吃得好。呼應今天的主題,小編想從腸道菌的角度出發,跟大家談談如何吃得巧,養出和諧美滿的腸道菌叢,跟疾病說掰掰。事實上,人類和腸道菌已經共同演化了相當長久的...

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微生物分析系列報導: 物種豐度樹形圖(Treemap)

     原創文章     引用請註明出處微生物分析時對於物種分佈情況的檢視,通常都會根據物種注釋結果,選取每個樣品或分組在各階層(Phylum、Class、Order、family、Genus)中相對豐度排名前幾名的物種(例如Top 10),由這些各分組中平均相對較高豐度的物種繪製柱狀圖,以便直觀查看各樣品在不同分類階層中相對豐度較高的物種及其比例。依照整體平均豐度由高到低,每個直條中物種對應排序由下到上排序展示...

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微生物分析系列報導: 厚壁菌門/擬桿菌門比例箱形圖(F/B ratio box plot)

     原創文章     引用請註明出處人類腸道菌中,比例最高的兩種菌門為厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes),兩者比例可達全體腸道菌80%以上。許多學者普遍認為厚壁菌門是一群善於消化並促進吸收脂肪的細菌,牠們的大量存在使得宿主容易肥胖。小編聽說過壓力大時BMI容易爆增的理論,這也是跟腸道菌有關係喔!當宿主處於壓力下,大腦分泌的壓力荷爾蒙影響迷走神經,使流往腸道的血液減少,長此...

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微生物分析系列報導:嶄新的物種階層熱樹(Heat Tree)

     原創文章     引用請註明出處在微生物分析中,如何以視覺化呈現注釋資訊是一個重要的工作。通常在獲得OTU表及物種注釋資訊後,便需要將表格化資訊藉由視覺處理以利科研人員閱讀。目前最常見的方式如採用『物種階層累積柱狀圖』、『互動式Krona展示』、『進化樹展示』等,今天小編就先從物種階層累積柱狀圖介紹起,並帶大家認識全新開發的『熱樹(Heat Tree)』分析,希望能更有效的協助科學研究者快速...

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